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【12月2-4日】Python生物信息从入门到进阶研讨会

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Python生物信息从入门到进阶研讨会


2022年12月2-4日 腾讯会议网络会议室


课程背景】Python是一种结合解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。它设计简洁,具有很强的可读性。Python目前拥有众多专用的科学计算扩展库,以及生物信息学专用的Biopython,为分析处理生物信息学数据提供了强大功能。越来越多的科研人员开始学习Python语言用于机器深度学习,来处理实验数据、制作图表。


【课程特色】
1. 本课程覆盖python基础知识,通过atom程序编辑软件进行python程序写作。

2.Deep learning,决策树,支持向量机,神经网络

3. Github程序库介绍,Git使用下载、上传、协作软件编辑,

4. Python基本软件包Numpy、Pandas、Matplotlib、SKlearn及磁共振软件包nibabel介绍
5. 本课程手把手,实操性强,有全程屏幕录制视频课后发给学员,组群学员微信群便于学员与讲师互动交流

【讲师背景】
专家,博士生导师。研究方向生物物理、生物光子学、生物医学虚拟场景开发。05获中科院分子发育生物学硕士学位,08年获美国东北大学物理化学硕士学位,13年获美国密苏里大学哥伦比亚生物物理博士学位与统计硕士学位,13-18年在加州大学伯克利分校博士后。目前已在Cell,Nature Communications,EMBO reports,ACS
Sensors等杂志发表文章十余篇。

【主要内容】详细内容见课表

Git软件使用、Python编程详解


【学习目标】
通过学习,让学员掌握:Git、Atom的基本使用、python数据结构;python的输入输出、方程、模块、循环、算法、寻找bug;python常见软件包numpy、pandas、matplotlib、SKlearn、nibabel等安装使用及软件包功能介绍;通过python进行小的数据、图像、数学、统计计算分析;
python深度学习介绍,人工智能训练线性及卷积神经网络。


培训时间2022年12月2-4日1日晚上有预备课

培训地点:腾讯会议

地点腾讯会议网络会议室

主办方:上海循掘生物科技中心

收费标准:

3800元/人, 注册费包含教材、但不包括住宿费和晚餐。

优惠措施提前报名并付费可以提前拿到学习资料

3人组团,每人优惠100元,4人组团,每人优惠200元

6人组团,可免一人注册费(即只交5个人的费用)

参加复听的学员,每人只需交600元费用(可以这次一起向单位多申请600元)

付款方式

A:银行转账

账户名称:上海循掘生物科技中心    账户号:1001064709100016561

开 户 行:中国工商银行上海市永泰路支行

B:支付宝转账

收款人:yonghong1028@126.com       名:金永红

C:公务卡微信支付

报名方式:

范老师 15301721511(微信同号) 15301721511@163.com

填写报名表后发送至报名邮箱,若发送邮件后24h未收到任何回复,请及时联系

以下为详细日程:

Python学习班课程安排

日期

时间

主要内容

详细内容

备课

19:00-20:30

软件安装

Git、Atom、Python安装


第一天上午

9:00-10:30

计算机语言基本介绍

计算机语言介绍、不同语言比较、Python的优缺点、Github介绍

程序的组织与写作、Git介绍

基本数学计算、变量、字符、文字

交互式输入与输出、上载与下载文件

10:30-10:45



10:45-12:00

计算机语言数据结构与逻辑教学

交互式输入与输出、上载与下载文件

循环与逻辑

数据结构:序列和字典


12:00-13:00

午休时间

第一天下午

13:00-15:30

编程基本讲解与Python软件包教学

面向对象编程

模块、类与对象

Python软件包,如何制作并使用

Debugging、自测试

15:30-15:45



15:45-18:00

基本程序写作及网络数据挖掘写作

Python统计计算,均值、方差、t统计、p值、pdf和cdf统计分布图

基本网络数据挖掘写作


第二天上午

9:00-10:30

Matplotlin软件包及实操(一)

Matplotlin软件包介绍

现状图、柱形图、散点图、

轮廓图、图像保存

一般图像的输入、输出

10:30-10:45

休息

10:45-12:00

Matplotlin软件包及实操(二)

矩阵基础、数字图像是什么?

基本图像数字处理、平移、缩放、旋转

Affine转化、图像切割、多图绘制


12:00-13:00

午休时间

第二天下午及晚上

13:00-15:30

Numpy软件包介绍及实操(一)

Numpy软件包介绍、数组属性

创建数组、数值性质、切片索引

高级索引

15:30-15:45

休息

15:45-18:00

Numpy软件包介绍及实操(二)

广播、数组迭代

数组操作、位运算、字符串函数

数学函数、统计函数、基础统计介绍

矩阵库、线性代数运算

18:00-19:00

晚饭及休息时间

19:00-22:00

mxnet软件包介绍及实操

线性神经网络、softmax回归

图像分类MNIST

多层感知机

深度学习计算,卷积神经网络


第三天上午

9:00-10:30

Pandas软件包介绍及实操

P andas软件包介绍

选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图

全基因组sgRNA数据的分析、sgRNA序列提取、GC含量、sgRNA位置信息提取、sgRNA序列比对

10:30-10:45

休息

10:45-12:00

Biophython软件包介绍及实操

基因序列管理、比对

DNA序列转录、翻译

多序列比对、序列输入输出

Nibabel软件包及实操

Nibabel软件包介绍

磁共振MRI数据读取

矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归

磁共振MRI数据读取


12:00-13:00

午休时间

第三天下午

13:00-15:00

Scikit learn软件包及实操

矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归

线性回归

分类、无监督

数据降维、数据预处理、PCA、K-means、支持向量机SVM、决策树

15:00-15:15



15:15-17:00

Tensorflow深度学习介绍

卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN

LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet网络介绍与应用

图网络与超图网络介绍

备注:务必自带电脑,要求windows系统,有大于50G可用内存。学习班可提供安装包






医药加金牌学习班特色:

医药加金牌学习班自2017年1月正式开办以来,已经成功举办了千余期,培训了全国(包涵港、澳、台地区)及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进,获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班,是让学员们真正能够学以致用,在科研上更上一层楼的学习班。


学习班教学宗旨:教得多,讲得精,学得会,用得上。

讲师团队:医药加金牌学习班所有讲师都来自于科研一线,博士以上学历,高级职称,具有丰富的实战经验和讲课经验,保障了学习班的内容的实用性、趣味性。

课程内容:课程内容为讲师亲自设计,以科研工作者切身需求为出发点,将课程方向与当前热点完美结合。全程纯干货、无套路。

课堂效果:小班制教学,讲师面对面授课,互动性强,答疑时间充足,有问题现场解决。上课PPT完全拷给学员。

课后保障:组建长期微信群,讲师与学员可长期互动。也方便学员之间联系,进行横向合作。了解最新课程安排。

实际效果:很多上过学习班学员,已经反馈成功发表文章,基金中标。

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