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【面上项目案例】基于通路分析和深度学习算法的肿瘤靶向药物组学标志物及预测模型的研究

转化与基础研究 • 12 月前 • 152 次点击  


科研狗如何直接使用ChatGPT搞科研?

【面上项目】

基于通路分析和深度学习算法的肿瘤靶向药物组学标志物及预测模型的研究

以下是ChatGPT做的本题目的研究思路与方案


研究思路与方案:基于通路分析和深度学习算法的肿瘤靶向药物组学标志物及预测模型的研究


一、研究背景


肿瘤靶向药物是一种新型治疗肿瘤的药物,具有高效、低毒、低副作用等特点。然而,由于肿瘤的异质性和复杂性,靶向药物的疗效存在巨大的差异性。因此,寻找有效的肿瘤靶向药物组学标志物,对于指导临床治疗和提高疗效具有重要的意义。


二、研究目的


本研究旨在通过通路分析和深度学习算法,筛选出与肿瘤靶向药物疗效相关的组学标志物,并建立预测模型,为肿瘤靶向药物的个体化治疗提供参考。


三、研究内容和方法


1. 数据来源


本研究将利用公共数据库如TCGA、GEO等,获取肿瘤组织和正常组织的转录组、蛋白质组、代谢组等多组学数据。


2. 通路分析


利用生物信息学工具,对多组学数据进行通路分析,筛选出与肿瘤靶向药物疗效相关的通路。


3. 深度学习算法


利用深度学习算法,对筛选出的通路进行特征提取和模式识别,建立肿瘤靶向药物疗效预测模型。


4. 模型验证


利用独立的数据集对建立的预测模型进行验证,评估模型的准确性和可靠性。


四、研究意义


本研究将为肿瘤靶向药物的个体化治疗提供重要的参考,为临床治疗提供更为精准的指导,提高肿瘤治疗的疗效和生存率。


五、研究预期成果


本研究预期将筛选出与肿瘤靶向药物疗效相关的组学标志物,并建立预测模型,为肿瘤靶向药物的个体化治疗提供参考。同时,本研究将为肿瘤靶向药物的研究提供新的思路和方法。



Python生物信息从入门到进阶研讨会

202347-9日 线下班与腾讯会议

课程背景
Python是一种结合解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。它设计简洁,具有很强的可读性。Python目前拥有众多专用的科学计算扩展库,以及生物信息学专用的Biopython,为分析处理生物信息学数据提供了强大功能。越来越多的科研人员开始学习Python语言用于机器深度学习,来处理实验数据、制作图表。


【课程特色】
1. 本课程覆盖python基础知识,通过atom程序编辑软件进行python程序写作。
2. Deep learning,决策树,支持向量机,神经网络
3. Github程序库介绍,Git使用下载、上传、协作软件编辑,
4. Python基本软件包Numpy、Pandas、Matplotlib、SKlearn及磁共振软件包nibabel介绍
5. 本课程手把手,实操性强,有全程屏幕录制视频课后发给学员,组群学员微信群便于学员与讲师互动交流


【讲师背景】
专家,博士生导师。研究方向生物物理、生物光子学、生物医学虚拟场景开发。05获中科院分子发育生物学硕士学位,08年获美国东北大学物理化学硕士学位,13年获美国密苏里大学哥伦比亚生物物理博士学位与统计硕士学位,13-18年在加州大学伯克利分校博士后。目前已在Cell,Nature Communications,EMBO reports,ACS Sensors等杂志发表文章十余篇。
【主要内容】
详细内容见课表
Git软件使用、Python编程详解

【学习目标】
通过学习,让学员掌握:Git、Atom的基本使用、python数据结构;python的输入输出、方程、模块、循环、算法、寻找bug;python常见软件包numpy、pandas、matplotlib、SKlearn、nibabel等安装使用及软件包功能介绍;通过python进行小的数据、图像、数学、统计计算分析;python深度学习介绍,人工智能训练线性及卷积神经网络。



培训时间:2023年4月7-9日,1日晚上有预备课。

培训地点线下班(深圳清华大学内)与腾讯会议

地点:腾讯会议网络会议室

主办方:上海循掘生物科技中心


收费标准:

3800元/人, 注册费包含教材、但不包括住宿费和晚餐。

优惠措施:提前报名并付费可以提前拿到学习资料

3人组团,每人优惠100元,4人组团,每人优惠200元

6人组团,可免一人注册费(即只交5个人的费用)

参加复听的学员,每人只需交600元费用(可以这次一起向单位多申请600元)


付款方式:

A:银行转账

账户名称:上海遐锦生物科技有限公司 

账户号:31050179400000001610

开 户 行:中国建设银行上海马陆支行

B:支付宝转账

收款人:yonghong1028@126.com 户  名:金永红

C:公务卡微信支付


报名方式:



以下为详细日程:

Python学习班课程安排

日期

时间

主要内容

详细内容

备课

19:00-20:30

软件安装

GitAtomPython安装


第一天上午

9:00-10:30

计算机语言基本介绍

计算机语言介绍、不同语言比较、Python的优缺点、Github介绍

程序的组织与写作、Git介绍

基本数学计算、变量、字符、文字

交互式输入与输出、上载与下载文件

10:30-10:45



10:45-12:00

计算机语言数据结构与逻辑教学

交互式输入与输出、上载与下载文件

循环与逻辑

数据结构:序列和字典


12:00-13:00

午休时间

第一天下午

13:00-15:30

编程基本讲解与Python软件包教学

面向对象编程

模块、类与对象

Python软件包,如何制作并使用

Debugging、自测试

15:30-15:45



15:45-18:00

基本程序写作及网络数据挖掘写作

Python统计计算,均值、方差、t统计、p值、pdfcdf统计分布图

基本网络数据挖掘写作


第二天上午

9:00-10:30

Matplotlin软件包及实操(一)

Matplotlin软件包介绍

现状图、柱形图、散点图、

轮廓图、图像保存

一般图像的输入、输出

10:30-10:45

休息

10:45-12:00

Matplotlin软件包及实操(二)

矩阵基础、数字图像是什么?

基本图像数字处理、平移、缩放、旋转

Affine转化、图像切割、多图绘制


12:00-13:00

午休时间

第二天下午及晚上

13:00-15:30

Numpy软件包介绍及实操(一)

Numpy软件包介绍、数组属性

创建数组、数值性质、切片索引

高级索引

15:30-15:45

休息

15:45-18:00

Numpy软件包介绍及实操(二)

广播、数组迭代

数组操作、位运算、字符串函数

数学函数、统计函数、基础统计介绍

矩阵库、线性代数运算

18:00-19:00

晚饭及休息时间

19:00-22:00

mxnet软件包介绍及实操

线性神经网络、softmax回归

图像分类MNIST

多层感知机

深度学习计算,卷积神经网络


第三天上午

9:00-10:30

Pandas软件包介绍及实操

Pandas软件包介绍

选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图

全基因组sgRNA数据的分析、sgRNA序列提取、GC含量、sgRNA位置信息提取、sgRNA序列比对

10:30-10:45

休息

10:45-12:00

Biophython软件包介绍及实操

基因序列管理、比对

DNA序列转录、翻译

多序列比对、序列输入输出

Nibabel软件包及实操

Nibabel软件包介绍

磁共振MRI数据读取

矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归

磁共振MRI数据读取


12:00-13:00

午休时间

第三天下午

13:00-15:00

Scikit learn软件包及实操

矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归

线性回归

分类、无监督

数据降维、数据预处理、PCAK-means、支持向量机SVM、决策树

15:00-15:15



15:15-17:00

Tensorflow深度学习介绍

卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN

LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet网络介绍与应用

图网络与超图网络介绍

备注:务必自带电脑,要求windows系统,有大于50G可用内存。学习班可提供安装包



医药加金牌学习班特色:
医药加金牌学习班自2017年1月正式开办以来,已经成功举办了千余期,培训了全国(包涵港、澳、台地区)及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进,获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班,是让学员们真正能够学以致用,在科研上更上一层楼的学习班。
学习班教学宗旨
教得多,讲得精,学得会,用得上。
讲师团队
医药加金牌学习班所有讲师都来自于科研一线,博士以上学历,高级职称,具有丰富的实战经验和讲课经验,保障了学习班的内容的实用性、趣味性。
课程内容:
课程内容为讲师亲自设计,以科研工作者切身需求为出发点,将课程方向与当前热点完美结合。全程纯干货、无套路。
课堂效果:
小班制教学,讲师面对面授课,互动性强,答疑时间充足,有问题现场解决。上课PPT完全拷给学员。
课后保障:
组建长期微信群,讲师与学员可长期互动。也方便学员之间联系,进行横向合作。了解最新课程安排。
实际效果
很多上过学习班学员,已经反馈成功发表文章,基金中标。



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流程一:先把标书初稿交给医药加,匹配相关研究领域的国自然专家,付费后,并预约专家评审辅导时间


流程二:国自然评审专家做标书评审与指导(腾讯会议一对一指导),专家会看你标书的科学价值,创新性与可行性如何?立项是否充分?关键致命问题有哪些?再做具体给您做指导。


流程三(可拉讨论组):经过专家评审指导之后,如有通过修改后命中标书的希望,再做专家一对一持续性互动修改辅导

(持续性指导是一直指导到你在系统提交标书为止),可以大大提升标书的命中率!


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2023-03-01




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