python读写ini格式的配置文件

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生信工程师的日常工作中，除了进行脚本编程，处理文件读写，画图，统计等常规操作，还会涉及到编写一整套完整的pipeline，此时就需要一个标准的配置文件，来保存需要的参数设置。业界常用的标准化的配置文件格式有以下几种

ini
json
xml
yaml

ini作为windows上配置文件的标准格式，更加易于没有编程基础的人来编写和修改，后三种格式则对于程序而言更加友好，处理更加方便。一个ini文件的示例如下

[DEFAULT]threads = 5[SAMPLE]suffix = fastq.gz
[MAPPING]method    = bowtie2threads   = 10filter    = falsemapq      = 20map_ratio = 0.8

每一个中括号和其相关配置称为section, 中括号内的名字则为section的标识符，区分大小写。上述示例中，3大块内容对应3个section。在section下面，以key = value的形式定义了很多的参数，key是不区分大小写的，而且这一行多余的空格也会被忽略掉。

在python3中，通过内置模块configparser来读取ini文件，用法如下

>>> import configparser>>> config = configparser.ConfigParser()>>> config.read('config.ini')['config.ini']

读取成功后，所有的内容存储在config这个对象中，可以用类似字典的操作来访问数据

# sections方法返回所有section的名字>>> config.sections()['SAMPLE', 'TRIM', 'MAPPING']>>> config['SAMPLE']<Section: SAMPLE># 用字典的操作来访问数据>>> config['SAMPLE']['SUFFIX']'fastq.gz'>>> config['SAMPLE']['threads']'5'>>> config['MAPPING']['threads']'10'

DEFAULT这个section有其特殊作用，定义了默认参数以及对应的值，所以上述代码中，在MAPPING这个section中也可以访问到threads的值。

读取的内容无论是什么类型，都用字符串来存储，所以对于数字，逻辑值需要我们自己来转换，写法如下

# 默认字符串>>> config['MAPPING']['threads']'10'#  自己用int函数来转换>>> int(config['MAPPING']['threads'])10# 用模块提供的getint方法来转换>>> config['MAPPING'].getint('threads')10

当然，也可以通过程序来生成ini文件，用法如下

>>> import configparser>>> config = configparser.ConfigParser()>>> config['DEFAULT'] = {'threads':5}>>> config['SAMPLE'] = {'suffix': 'fastq.gz'}>>> config['MAPPING'] = {}>>> config['MAPPING']['method'] = 'bowtie2'>>> config['MAPPING']['threads'] = '10'>>> config['MAPPING']['filter'] = 'false'>>> config['MAPPING']['mapq'] = '20'>>> config['MAPPING']['map_ratio'] = '0.8'>>>>>> with open('config.ini', 'w') as f:...     config.write(f)...>>>

ini定义了配置文件的标准格式，通过configparser模块可以快速便捷的处理ini文件。

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