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来一份Python学习题

生信宝典 • 6 年前 • 815 次点击  



  1. 3*2**2的输出是多少?(1分)

  2. 8 % 4的输出是多少?(1分)

  3. 32 + '32'的输出是什么?(1分)

  4. 32 > '32'的输出是什么?(1分)

  5. 'Sheng Xin Bao Dian'.find('x')'Sheng Xin Bao Dian'.find('X')的输出分别是?(2分)

  6. 一句话计算'Sheng Xin Bao Dian'字符串中n的数目?(1分)

  7. 写出下面10段程序的输出?(1分/段)

    aList = [1, 2, 3]
    bList = aList
    bList.append(4)
    aList

    aList = [1, 2, 3]
    cList = aList[:]
    cList.append(4)
    aList

    aList = [1,1,2,2,3,5,4,3]
    aSet = set(aList)
    aSet

    [1, 2, 3] * 2

    [i**2 for i in [1,2,3]]

    dict([(i, i**2) for i in range(5)])

    import re
    re.findall("[Ii]mageGP", "www.ehbio.com/ImageGP")

    ' '.join(["Sheng", "Xin", "Bao", "Dian"])

    def sumNumber(a, b):
        return a + b
    sumNumber(2,3)

    def sumNumber(a, b):
        return a + b
    print(sumNumber(2,3))
  8. 写程序以下面列表中每个元素为key,元素出现的次数为value,构建一个字典,并遍历字典按元素的ASCII码顺序输出?(5分)

    aList = ['a', 'b', 'c', 'a', 'd','e', 'A']
  9. 对教案中脑筋急转弯问题的解法进行优化; 问题是:现有100元钱,需要买100个物品,其中铅笔盒单价5元,笔单价3元,橡皮单价0.5元,怎么组合可以把100元花完,同时三种物品的个数和为100,请用编程解决。 (3分)

  10. 写程序用高斯的计算方式计算1+2+3+...+100的加和。(3分)

  11. 指出下面每个程序运行时可能会出现的错误。(1分/段)

    aList = [1,2,3]
    aDict = {}
    aDict[aList] = 1
    b = aDict['a']

    if 1:
    print("Sheng xin bao dian great!")

    32 + '32'

    aList = [1, 2, 3]
    aList.add(4)

    aList = [1, 2, 3]
    ''.join(aList)

    int('a')

    3 / 0
    
    
    
        
    
    for i in range(10)
    print(L)

    'Sheng Xin * 3

    type = 1
  12. Python文件读写函数openmode参数中r, w, a, t, b, x分别是什么意思?(3分)

  13. Python中如何获取当前所在的工作目录? 如何修改工作目录?(3分)

  14. Python中连接多个字符串的方法有哪些?优缺点是什么?(3分)

  15. print("%.2f%%" % (1/3))的输出是什么?(2分)

  16. 描述下语句import pandas as pd做了什么操作?(2分)

  17. 教案中基因ENSEMBLE ID转Gene Symbol程序用pandas实现 (GRCh38.idmap,ensm.id)。(5分)

  18. Jupyter中%%writefile, %%run 宏命令的用途是什么?(2分)

  19. 找出TP53 mRNA序列中的ORF (human_TP53_mRNA.fa)。(5分)

  20. 列出大肠杆菌基因组中限制性内切酶SecI的切割位置 (Ecoli.fa)。(5分)

  21. 计算data/test1.fa中每条序列的GC含量。(5分)

  22. 不使用pandas,写Python脚本处理Pandas教案中的TPM表达矩阵的提取和合并?(ENCFF060LPA.tsv, ENCFF262OBL.tsv, ENCFF289HGQ.tsv,  ENCFF673KYR.tsv) (8分)

  23. 给定FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa),写一个程序 cat.py 读入文件,并输出到屏幕 (2分)

  • open(file)

  • for .. in loop

  • print()

  • strip() function

  • 用到的知识点

  • 给定FASTQ格式的文件(test1.fq), 写一个程序 cat.py 读入文件,并输出到屏幕 (2分)

    • 同上

    • 用到的知识点

  • 写程序 splitName.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字,输出到屏幕 (2分)

    • split

    • 字符串的索引

    • 用到的知识点

    • 输出格式为:

      
      
      
          
      >NM_001011874
      gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctg.......
  • 写程序 formatFasta.py, 读入test2.fa,把每条FASTA序列连成一行然后输出 (2分)

    • join

    • strip

    • 用到的知识点

    • 输出格式为:

      >NM_001011874
      gcggcggcgggc......TCCGCTG......GCGTTCACC......CGGGGTCCGGAG
  • 写程序 formatFasta-2.py, 读入test2.fa,把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列 (2分)

    • 字符串切片操作

    • range

    • 用到的知识点

    • 输出格式为

      >NM_001011874
      gcggcggcgc.(60个字母).TCCGCTGACG #(每行80个字母)
      acgtgctacg.(60个字母).GCGTTCACCC
      ACGTACGATG(最后一行可不足80个字母)
  • 写程序 sortFasta.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字,排序后输出 (2分)

    • sort

    • dict

    • aDict[key] = []

    • aDict[key].append(value)

    • 用到的知识点

  • 提取给定名字的序列 (2分)

    • 用到的知识点

    • print >>fh, or fh.write()

    • 取模运算,4 % 2 == 0

    • 写程序 grepFasta.py, 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列,并输出到屏幕。

    • 写程序 grepFastq.py, 提取fastq.name中名字对应的test1.fq的序列,并输出到文件。

  • 写程序 screenResult.py, 筛选test.expr中foldChange大于2的基因并且padj小于0.05的基,可以输出整行或只输出基因名字。(4分)

    • 逻辑与操作符 and

    • 文件中读取的内容都为字符串,需要用int转换为整数,float转换为浮点数

    • 用到的知识点

  • 写程序 transferMultipleColumToMatrix.py 将文件(multipleColExpr.txt)中基因在多个组织中的表达数据转换为矩阵形式,并绘制热图。(6分)

    • aDict[‘key’] = {}

    • aDict[‘key’][‘key2’] = value

    • if key not in aDict

    • aDict = {‘ENSG00000000003’: {“A-431”: 21.3, “A-549”, 32.5,…},”ENSG00000000003”:{},}

    • 用到的知识点

    • 输入格式(只需要前3列就可以)

      Gene    Sample  Value   Unit    Abundance
      ENSG00000000003 A-431   21.3    FPKM    Medium
      ENSG00000000003 A-549   32.5    FPKM    Medium
      ENSG00000000003 AN3-CA  38.2    FPKM    Medium
      ENSG00000000003 BEWO    31.4    FPKM    Medium
      ENSG00000000003 CACO-2  63.9    FPKM    High
      ENSG00000000005 A-431   0.0     FPKM    Not detected
      ENSG00000000005 A-549   0.0     FPKM    Not detected
      ENSG00000000005 AN3-CA  0.0     FPKM    Not detected
      ENSG00000000005 BEWO    0.0     FPKM    Not detected
      ENSG00000000005 CACO-2  0.0     FPKM    Not detected
    • 输出格式

      Name    A-431    A-549    AN3-CA    BEWO    CACO-2
      ENSG00000000460    25.2    14.2    10.6    24.4    14.2
      ENSG00000000938    0.0    0.0    0.0    0.0    0.0
      ENSG00000001084    19.1    155.1    24.4    12.6    23.5
      ENSG00000000457    2.8    3.4    3.8    5.8    2.9
  • 写程序 reverseComplementary.py计算序列 ACGTACGTACGTCACGTCAGCTAGAC的反向互补序列。(2分)

    • reverse

    • list(seq)

    • 用到的知识点

  • 写程序 collapsemiRNAreads.py转换smRNA-Seq的测序数据。(5分)

    • 输入文件格式(mir.collapse, tab-分割的两列文件,第一列为序列,第二列为序列被测到的次数)

        ID_REF        VALUE
        ACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGC        2
        ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATA        25
        TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTT        100
        TCCTACGAGTTGCATGGATTC        4
    • 输出文件格式 (mir.collapse.fa, 名字的前3个字母为样品的特异标示,中间的数字表示第几条序列,是序列名字的唯一标示,第三部分是x加每个reads被测到的次数。三部分用下划线连起来作为fasta序列的名字。)

        >ESB_1_x2
        ACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGC
        >ESB_2_x25
        ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATA
        >ESB_3_x100
        TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTT
        >ESB_4_x4
        TCCTACGAGTTGCATGGATTC
  • 简化的短序列匹配程序 (map.py) 把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置。(10分)

    • find

    • 用到的知识点

    • 输出格式 (输出格式为bed格式,第一列为匹配到的染色体,第二列和第三列为匹配到染色体序列的起始终止位置(位置标记以0为起始,代表第一个位置;终止位置不包含在内,第一个例子中所示序列的位置是(199,208](前闭后开,实际是chr1染色体第199-206的序列,0起始). 第4列为短序列自身的序列.)。

    • 附加要求:可以只匹配到给定的模板链,也可以考虑匹配到模板链的互补链。这时第5列可以为短序列的名字,第六列为链的信息,匹配到模板链为’+’,匹配到互补链为’-‘。注意匹配到互补链时起始位置也是从模板链的5’端算起的。

      chr1    199    208    TGGCGTTCA
      chr1    207    216    ACCCCGCTG
      chr2    63    70    AAATTGC
      chr3    0    7    AATAAAT
  • 备注:

    • 每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点,请综合考虑。此外,对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着,而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。

    • 每个程序对于你身边会写的人来说都很简单,因此你一定要克制住,独立去把答案做出,多看错误提示,多比对程序输出结果和预期结果的差异。

    • 学习锻炼“读程序”,即对着文件模拟整个的读入、处理过程来发现可能的逻辑问题。

    • 程序运行没有错误不代表你写的程序完成了你的需求,你要去查验输出结果是不是你想要的。

  • 关于程序调试

    • 在初写程序时,可能会出现各种各样的错误,常见的有缩进不一致,变量名字拼写错误,丢失冒号,文件名未加引号等,这时要根据错误提示查看错误类型是什么,出错的是哪一行来定位错误。当然,有的时候报错的行自身不一定有错,可能是其前面或后面的行出现了错误。

    • 用脑袋运行程序:当程序写作完成后,自己尝试对着数据文件,一行一行的执行程序,来看程序的运行是否与自己想干的活一致,有没有纰漏。

    • 当结果不符合预期时,要学会使用print来查看每步的操作是否正确,比如我读入了字典,我就打印下字典,看看读入的是不是我想要的,是否含有不该存在的字符;或者在每个判断句、函数调入的情况下打印个字符,来跟踪程序的运行轨迹

  • 如果视频https://bioinfo.ke.qq.com或文档中没有答案的或者有错误的,请提交题目和自己的答案到 http://www.ehbio.com/Esx 提问寻求解答。文档中其它的题目也请都自己写几遍。

  • 后台回复python,获取测试数据。

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