进化树在biopython中的可视化

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进化树以树状结构形象的展示各个节点的进化关系，在物种进化，亲缘关系研究领域广泛应用。在biopython中，通过Bio.Phylo子模块，可以方便的访问和展示树状结构中的信息

1. 读取文件

树状结构最常见的文件格式是newick, 读取方法如下

>>> from Bio import Phylo
>>> tree = Phylo.read('tree.newick', 'newick')
>>> tree
Tree(rooted=False, weight=1.0)

2. 查看树状结构

print方法是最简单的查看树状结构的方法，示例如下

>>> print(tree)
Tree(rooted=False, weight=1.0)
    Clade()
        Clade()
            Clade()
                Clade(name='A')
                Clade(name='B')
            Clade()
                Clade(name='C')
                Clade(name='D')
        Clade()
            Clade(name='E')
            Clade(name='F')
            Clade(name='G')

3. 可视化

对于需要导出图片的可视化需求，可以通过draw方法来实现，示例如下

>>> tree.rooted=True
>>> Phylo.draw(tree)

输出结果如下

4. 订制分支颜色

在biopython中，将tree文件转换为xml格式之后，可以详细订制每个分支的颜色，示例如下

>>> tree = tree.as_phyloxml()
>>> tree.root.color = "gray"
>>> mcra = tree.common_ancestor({"name":"E"}, {"name":"F"})
>>> mcra.color = "salmon"
>>> tree.clade[0, 1].color = "blue"
>>> Phylo.draw(tree)

输出结果如下

xml格式的结果也可以输出到文件中，方便后续使用，保存的方式如下

>>> Phylo.write(tree, "tree.xml", "phyloxml")

相比ggtree等专业的树状结构可视化程序，biopython的功能显得有点简陋，对于完全使用python生态的开发者，提供了最基础的展示功能，其最大亮点是分支颜色的高度订制，可以方便的指定各个分支的颜色。

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