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基于python的基因组组装课程

生信技能树 • 1 年前 • 318 次点击  

可能基本上没有多少《生信技能树》的粉丝知道,其实我的生物信息学技能也是从基因组组装开始的,大概是八九年前我本科还没有毕业就去北京实习,在西四环的青塔那边的水产所跟着大黄鱼等基因组团队做一些打杂工作,同时开启了自己的生物信息学笔记整理和分享生涯,让我甚是怀念啊。

虽然这些年都是在做人类疾病数据处理,咱们《生信技能树》公众号的1.3万篇教程也是如此,基本上忽略了动植物领域的研究动态,不管是基因组组装这样的传统技术还是泛基因组这样的热点。但是仍然有在那个领域的朋友,他们愿意把自己的经验以课程的形式分享出来,即使大概率上是一个亏本买卖,我是非常乐意帮忙宣传的。

基因组的故事

我看到2013年的报道:当时腔棘鱼基因组这一里程碑式的基因组研究论文被选作封面文章发表在2013年的4月18日的《自然》杂志上。现存只有两种总鳍鱼(lobe-finned fish)群能够代表与陆地脊椎动物相关的、包含进化信息的深谱系,腔棘鱼就是其中的一种。另一外一种是肺鱼,其具有巨大的基因组,使得当前(2013)无法对其进行测序。

我看到2018年的报道,酿酒酵母有16条染色体(单倍体), 2018年的《自然》杂志上发表的一篇论文中,中科院的覃重军研究员带领的 团队把16条染色体合而为一,创造了一个只有一条染色体的酵母。

类似的基因组组装新闻报道不少,也有详细解读,详见:新物种基因组组装,恰好今天在朋友圈看到了 一个团队组装出37Gb的肺鱼基因组,这就是 (2013)无法对其进行测序,只能望洋兴叹的物种。现在通过 PacBio,10×Genomics 测序,结合 Hi-C 数据,很容易组装出来高质量的基因组啦。

比如:历时15个月 “致富金果”怒江草果全基因组精细图谱绘制成功,通过Nanopore及illumina等测序技术,拼接组装得到2.08G大小的基因组,组装出由1145个contig序列组成的草果参考基因组序列,GC含量为40.9%,最长的contig长度为31.6Mb,N50为4.7Mb。结合HiC测序结果,得到24对染色体的高质量基因组,包括42394个基因。通过转录组、代谢组关联分析,得到草果关键香气物质合成的候选基因一批。草果全基因组精细图谱完成将极大推动草果的全基因组精准育种,为打造国家级草果种质资源圃提供重要基础作用。

如果你也感兴趣这个基因组组装技术,而且恰好有这样的课题,那么下面的课程你一定是不能错过!

课程介绍

2020年我们在生信技能树的支持下,举办了两次 python及基因组直播培训,课程收获到了很好的反馈(下方有第一期课程相应评价供参考)。去年两期课程结束后,在《生信技能树》jimmy老师的建议下,我们用了将近三个月的时间对课程进行了第三次迭代升级

今年2021年,我们第三次授课的python会更接近生物信息的实际应用,常用、重要的知识点及操作会更详细讲,基因组部分增加更多的实用技术内容,共计32小时左右的直播互动课程,同时增加Linux基础应用及python高级应用的10小时的录播课程及答疑。

我们的目的是做一套容易掌握、重实际应用、低价格的bio_python及基因组课程。

容易掌握:课程采用每周仅周六日上课4小时左右,持续两个月的长周期,给大家留出大量时间预习、复习、思考、提问、练习。两位固定讲师轮流授课,4个月内一对一答疑。同期录播支持至少1年的回放。

重实际应用:整个课程大部分时间是讲师带着大家进行操作,课程内容紧扣科研的实际需求。同时给大家提供4个月的服务器账号,以供大家操作练习。

低价格:32个小时的直播培训,4个月的服务器账号及4个月的答疑保驾护航,仅收1999元/人。

预计开班时间:2.20,每周六日晚7:00~9:00左右。

报名后我们会给大家开通服务器账号及相应的往期课件。

完整课表如下

一半内容是python,一半是基因组组装技术

 

报名渠道

因为本课程是基于python的基因组组装专项数据分析,所以不会像生信技能树的《生信入门》课程那样集中火力于计算机基础知识的打磨,包括基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理

所以,理论上报名本学习班需要自行加强这些基础能力,当然了,如果你仅仅是有基因组组装相关课题合作,想对这方面数据分析有一个概念而并不需要自己实际动手分析,那么也非常欢迎你报名哈,课程绝对会让你物超所值!还等什么呢,赶快扫描下面二维码添加微信报名吧!

(添加好友务必备注 高校或者工作单位+姓名+肿瘤,方便后续认识)

因为是特价抢购,所以在本公众号推文下面赞赏一定数量金额有助于快速通过报名哦。

课程反馈

往期学员评价:


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