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德运康瑞新品发布 | 全球首创Digital-Seq单细胞组学平台震撼登场,从“芯”定义细胞

测序中国 • 1 年前 • 154 次点击  

单细胞转录组测序(scRNA-seq)通过研究单细胞mRNA的表达水平以及细胞类型的差异,用以揭示稀有细胞、区分细胞亚群、构建细胞图谱;在基于液体活检的精准检测、基础发育研究、辅助生殖等领域中,往往只能获得几个~几十个目标细胞,无法通过现有的高通量单细胞组学平台开展研究,依然依赖于传统的口吸法、显微操作法的单细胞分离,以及基于Smart-seq2原理的单细胞手动扩增方法。在PCR管中的分子扩增反应体系需要较大的反应体积,核酸绝对浓度低、试剂成本高、外源性污染可能性大,在一定程度上降低了单细胞分析的灵敏度和准确性。针对稀有细胞分析领域痛点,德运康瑞推出全球首个基于数字微流控技术的Digital-Seq单细胞组学平台,针对少量细胞样本实现便捷、灵活、高效的细胞捕获、分选和全长转录组文库构建,进行高灵敏和高精准的单细胞基因表达分析。

Digital-Seq单细胞组学平台

Digital-Seq单细胞组学平台介绍

Digital-Seq单细胞组学平台基于数字微流控技术实现痕量细胞样本的单细胞文库构建,一键实现从细胞捕获到双链cDNA合成的全流程;纳升级的反应体系节省反应试剂,有效提高核酸浓度,实现高效的扩增效率和基因检出数量,为您提供一种高精准单细胞捕获、高效率核酸扩增、高灵敏基因检出的单细胞组学全新解决方案。Digital-Seq单细胞组学平台特点总结如下:

(1)无人值守自动化 

(2)高效核酸扩增和基因检出
(3)高质量成像与AI智能细胞识别

(4)全封闭体系杜绝外源污染


Digital-Seq单细胞组学分析解决方案

数字微流控技术

数字微流控技术通过电驱动液滴控制技术实现液滴在芯片内部的生成、移动和混合分裂,实现预设流程的全自动精准液滴操控和反应运行,具有高度自动化和集成化的特性,简单易于操作,节省试剂耗量,样品起始量要求低,这些技术特点为单细胞组学建库提供了极大的便利和优势。液滴控制技术依托于德运康瑞自主研发的数字化微液滴控制器,可通过软件界面实现操控芯片面板排布的电极,按照预设程序实现微液滴在芯片内部的操控。

数字微流控原理动画演示

痕量单细胞转录组建库解决方案

Digital-Seq平台集成了从单细胞捕获、裂解、mRNA反转录到双链cDNA合成的全实验流程,“一键”实现上述工作环节,整个建库流程人工操作时间大大缩短;本次发布的痕量单细胞转录组建库试剂盒“打包”上述实验所需试剂和芯片,单次可完成数个单细胞全长mRNA文库构建,用于基因定量、差异基因分析、细胞分群以及基因结构变异分析等。

痕量单细胞转录组建库试剂盒      

通过Digital-Seq平台进行单细胞转录组建库,在芯片内自动化完成从细胞捕获到双链cDNA合成,相比于Tube Smart-seq2方法人工操作时间缩短了6个小时;不仅如此,自动化的细胞捕获方式与纳升级的反应体系大大提高核酸扩增质量和建库成功率。

scRNA-seq实验流程对比

单细胞转录组数据展示

用Digital-seq平台对小鼠胚胎干细胞样本进行测试,每个样品在测序深度为500万reads时所检测到的基因数进行统计,基因检出数量均达到10000个以上,与Smart-seq2等传统手动扩增方法相比,基因检出数量稳定提升20~30%,对于稀有转录本的检出能力优势明显;通过ERCC测试结果显示检测定量结果与92个ERCC转录本的已知浓度结果高度一致,这也表明该平台纳升级反应体系可以有效降低核酸扩增偏倚,基因定量结果更准确,有利于准确分析细胞之间的异质性。

应用方向

1)循环稀有细胞(如循环肿瘤细胞CTC、循环胎儿细胞CFC):对CTC进行单细胞转录组的研究,可以检测单细胞中RNA表达水平、剪切体和融合基因。在单细胞水平分析基因的表达和变异、功能富集、代谢通路等,用于研究CTC细胞异质性、转移和耐药机制以及相应分子分型标志物的开发等。

(2)干细胞研究:单细胞测序技术已广泛应用于鉴定细胞分化潜能、细胞命运决定因素和异质性研究;单细胞转录组用于体外干细胞诱导分化分析从而推断出干细胞命运决定轨迹,鉴定出功能性细胞亚群,有助于设计出更安全、有效的干细胞治疗产品。

(3)胚胎及生殖类细胞:生殖生物学是单细胞测序技术最早运用的领域, 其中仍有诸多问题亟待探索, 如生殖细胞的形成、早期胚胎发育和分化命运决定。运用单细胞测序技术可以提升我们对生殖细胞发育的认知, 也为辅助生殖过程中高质量生殖细胞的获取和筛选提供了新的策略。

Digital-Seq平台 “六大优势”:

(1)微液滴的数字化操控,集成多步实验环节,全流程自动化,简化人工操作
(2)纳升级的分子反应体积,节省反应试剂,有效浓缩核酸分子,提高扩增效率
(3)细胞捕获效率高,AI智能成像辅助细胞识别和挑选
(4)捕获细胞直径分布在1~100 um范围,轻松捕获大尺寸细胞
(5)全流程封闭反应体系,根本上杜绝外界核酸污染
(6)超疏水微流控界面,有效减少分子吸附和损失

德运康瑞在数字微流控技术领域已有多年研发投入和成果积累,率先在中国推出革命性的痕量单细胞组学平台,充分发挥技术创新的优势,单细胞转录组数据表现全面超越传统方法,并且大大提升了科研工作者的产出效率,为稀有循环肿瘤细胞、干细胞、胚胎及生殖细胞等临床应用和基础研究领域提供了全新的单细胞解决方案,助力精准医疗迈向单细胞组学时代。展望未来,公司将基于此技术平台,继续升级性能,推出包括基因组、基因-转录双组学、蛋白质组、代谢组等多组学应用试剂盒。

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关于德运康瑞

苏州德运康瑞生物科技有限公司是一家单细胞与空间多组学技术平台型企业,围绕单细胞富集与检测、单细胞测序、空间多组学技术,满足不同应用场景下的分析需求,公司聚焦挖掘在肿瘤精准医学、优生优育以及药物发现领域的巨大潜力,致力于推动精准医疗向单细胞与空间组学时代迈进,助力生命科学和临床医学,为人类健康事业贡献中国智慧。

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