【面上项目】
基于深度学习的影像组学特征与基因/转录组学特征的相关性及相关机制----肾癌癌栓侵袭血管壁的基因影像组学研究
以下是ChatGPT做的研究思路与方案
一、研究背景
肾癌是一种常见的恶性肿瘤，其侵袭血管壁是导致肾癌患者死亡的主要原因之一。目前，基于深度学习的影像组学特征和基因/转录组学特征已经被广泛应用于肾癌的研究中。然而，关于这两种特征之间的相关性及其相关机制仍然不够清楚。因此，本研究旨在探讨基于深度学习的影像组学特征与基因/转录组学特征之间的相关性及其在肾癌癌栓侵袭血管壁中的作用机制。
二、研究目的
1. 探究基于深度学习的影像组学特征与基因/转录组学特征之间的相关性；
2. 研究这两种特征在肾癌癌栓侵袭血管壁中的作用机制；
3. 建立基于深度学习的影像组学特征和基因/转录组学特征的预测模型，预测肾癌癌栓侵袭血管壁的风险。
三、研究内容和方法
1. 数据采集
本研究将收集100例肾癌患者的影像学资料和基因/转录组学资料。影像学资料包括CT和MRI图像，基因/转录组学资料包括肾癌癌栓侵袭血管壁相关的基因和转录本。
2. 影像组学特征提取
使用深度学习算法提取肾癌患者的影像组学特征。具体方法包括卷积神经网络（CNN）和自编码器（AE）。
3. 基因/转录组学特征提取
使用生物信息学方法提取肾癌患者的基因/转录组学特征。具体方法包括基因芯片和RNA测序。
4. 相关性分析
用统计学方法分析基于深度学习的影像组学特征和基因/转录组学特征之间的相关性。具体方法包括Pearson相关系数和Spearman相关系数。
5. 机制分析
使用生物信息学方法分析基于深度学习的影像组学特征和基因/转录组学特征在肾癌癌栓侵袭血管壁中的作用机制。具体方法包括基因富集分析和通路分析。
6. 预测模型建立
基于深度学习的影像组学特征和基因/转录组学特征建立预测模型，预测肾癌癌栓侵袭血管壁的风险。具体方法包括逻辑回归和支持向量机（SVM）。
四、研究意义
本研究将探究基于深度学习的影像组学特征与基因/转录组学特征之间的相关性及其在肾癌癌栓侵袭血管壁中的作用机制。这将有助于深入了解肾癌的发病机制，为肾癌的早期诊断和治疗提供新的思路和方法。此外，建立基于深度学习的影像组学特征和基因/转录组学特征的预测模型，可为肾癌的个体化治疗提供重要的参考依据。
Python生物信息从入门到进阶研讨会
2023年4月7-9日 线下班与腾讯会议
Python是一种结合解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。它设计简洁，具有很强的可读性。Python目前拥有众多专用的科学计算扩展库，以及生物信息学专用的Biopython，为分析处理生物信息学数据提供了强大功能。越来越多的科研人员开始学习Python语言用于机器深度学习，来处理实验数据、制作图表。
1. 本课程覆盖python基础知识，通过atom程序编辑软件进行python程序写作。2. Deep learning,决策树，支持向量机，神经网络3. Github程序库介绍，Git使用下载、上传、协作软件编辑，4. Python基本软件包Numpy、Pandas、Matplotlib、SKlearn及磁共振软件包nibabel介绍5. 本课程手把手，实操性强，有全程屏幕录制视频课后发给学员，组群学员微信群便于学员与讲师互动交流
专家，博士生导师。研究方向生物物理、生物光子学、生物医学虚拟场景开发。05获中科院分子发育生物学硕士学位，08年获美国东北大学物理化学硕士学位，13年获美国密苏里大学哥伦比亚生物物理博士学位与统计硕士学位，13-18年在加州大学伯克利分校博士后。目前已在Cell,Nature
Communications,EMBO reports，ACS Sensors等杂志发表文章十余篇。通过学习，让学员掌握：Git、Atom的基本使用、python数据结构；python的输入输出、方程、模块、循环、算法、寻找bug；python常见软件包numpy、pandas、matplotlib、SKlearn、nibabel等安装使用及软件包功能介绍；通过python进行小的数据、图像、数学、统计计算分析;python深度学习介绍，人工智能训练线性及卷积神经网络。
培训时间：2023年4月7-9日，1日晚上有预备课。
培训地点：线下班（深圳清华大学内）与腾讯会议
地点：腾讯会议网络会议室
主办方：上海循掘生物科技中心
收费标准：
3800元/人， 注册费包含教材、但不包括住宿费和晚餐。
优惠措施：提前报名并付费可以提前拿到学习资料
3人组团，每人优惠100元，4人组团，每人优惠200元
6人组团，可免一人注册费（即只交5个人的费用）
参加复听的学员，每人只需交600元费用（可以这次一起向单位多申请600元）
付款方式：
A：银行转账
账户名称：上海遐锦生物科技有限公司
账户号：31050179400000001610
开 户 行：中国建设银行上海马陆支行
B：支付宝转账
收款人：yonghong1028@126.com 户 名:金永红
C：公务卡微信支付
报名方式：
以下为详细日程：
Python学习班课程安排 |
日期 | 时间 | 主要内容 | 详细内容 |
备课 | 19:00-20:30 | 软件安装 | Git、Atom、Python安装 |
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第一天上午 | 9:00-10:30 | 计算机语言基本介绍 | 计算机语言介绍、不同语言比较、Python的优缺点、Github介绍
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程序的组织与写作、Git介绍 |
基本数学计算、变量、字符、文字 |
交互式输入与输出、上载与下载文件 |
10:30-10:45 |
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10:45-12:00 | 计算机语言数据结构与逻辑教学 | 交互式输入与输出、上载与下载文件 |
循环与逻辑 |
数据结构：序列和字典 |
| 12:00-13:00 | 午休时间 |
第一天下午 | 13:00-15:30 | 编程基本讲解与Python软件包教学 | 面向对象编程 |
模块、类与对象 |
Python软件包，如何制作并使用 |
Debugging
、自测试 |
15:30-15:45 |
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15:45-18:00 | 基本程序写作及网络数据挖掘写作 | Python统计计算，均值、方差、t统计、p值、pdf和cdf统计分布图 |
基本网络数据挖掘写作 |
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第二天上午 | 9:00-10:30 | Matplotlin软件包及实操（一） | Matplotlin软件包介绍 |
现状图、柱形图、散点图、 |
轮廓图、图像保存 |
一般图像的输入、输出 |
10:30-10:45 | 休息 |
10:45-12:00 | Matplotlin软件包及实操（二） |
矩阵基础、数字图像是什么？ |
基本图像数字处理、平移、缩放、旋转 |
Affine转化、图像切割、多图绘制 |
| 12:00-13:00 | 午休时间 |
第二天下午及晚上 | 13:00-15:30 | Numpy软件包介绍及实操（一） | Numpy软件包介绍、数组属性 |
创建数组、数值性质、切片索引 |
高级索引 |
15:30-15:45 | 休息 |
15:45-18:00 | Numpy软件包介绍及实操（二） | 广播、数组迭代 |
数组操作、位运算、字符串函数 |
数学函数、统计函数、基础统计介绍 |
矩阵库、线性代数运算 |
18:00-19:00 |
晚饭及休息时间 |
19:00-22:00 | mxnet软件包介绍及实操 | 线性神经网络、softmax回归 |
图像分类MNIST |
多层感知机 |
深度学习计算，卷积神经网络 |
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第三天上午 | 9:00-10:30 | Pandas软件包介绍及实操 | Pandas软件包介绍 |
选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图 |
全基因组sgRNA数据的分析、sgRNA序列提取、GC含量、sgRNA位置信息提取、sgRNA序列比对 |
10:30-10:45 | 休息 |
10:45-12:00 |
Biophython软件包介绍及实操 | 基因序列管理、比对 |
DNA序列转录、翻译 |
多序列比对、序列输入输出 |
Nibabel软件包及实操 | Nibabel软件包介绍 |
磁共振MRI数据读取 |
矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归 |
磁共振MRI数据读取 |
| 12:00-13:00 | 午休时间 |
第三天下午 | 13:00-15:00 | Scikit learn软件包及实操 | 矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归 |
线性回归 |
分类、无监督 |
数据降维、数据预处理、PCA
、K-means、支持向量机SVM、决策树 |
15:00-15:15 |
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15:15-17:00 | Tensorflow深度学习介绍 | 卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN |
LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet网络介绍与应用 |
图网络与超图网络介绍 |
备注：务必自带电脑，要求windows系统，有大于50G可用内存。学习班可提供安装包 |
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医药加金牌学习班自2017年1月正式开办以来，已经成功举办了千余期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。医药加金牌学习班所有讲师都来自于科研一线，博士以上学历，高级职称，具有丰富的实战经验和讲课经验，保障了学习班的内容的实用性、趣味性。课程内容为讲师亲自设计，以科研工作者切身需求为出发点，将课程方向与当前热点完美结合。全程纯干货、无套路。小班制教学，讲师面对面授课，互动性强，答疑时间充足，有问题现场解决。上课PPT完全拷给学员。组建长期微信群，讲师与学员可长期互动。也方便学员之间联系，进行横向合作。了解最新课程安排。很多上过学习班学员，已经反馈成功发表文章，基金中标。
如何通过学习自己感兴趣领域的标书原文，搞定自己的课题设计？
【医药加】国自然专家一对一线上评审与修改指导，一直辅导到你交标书为止！
（国自然专家正在火热预约中）
国自然专家一对一线上评审与修改指导一直辅导到你交标书
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医药加可匹配上百位国自然评审专家，都具有丰富的国自然标书评审实战经验（主持三项以上国自然经历）
流程一：先把标书初稿交给医药加，匹配相关研究领域的国自然专家，付费后，并预约专家评审辅导时间
流程二：国自然评审专家做标书评审与指导（腾讯会议一对一指导），专家会看你标书的科学价值，创新性与可行性如何？立项是否充分？关键致命问题有哪些？再做具体给您做指导。
流程三（可拉讨论组）：经过专家评审指导之后，如有通过修改后命中标书的希望，再做专家一对一持续性互动修改辅导
（持续性指导是一直指导到你在系统提交标书为止），可以大大提升标书的命中率！
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