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500个科研必备脚本,Python/MS/VASP,覆盖99%的计算场景!

微算云平台 • 4 月前 • 390 次点击  

脚本 = 科研自动化神器!不用脚本易出错、拖发刊,进度直接落后!

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100个Materials Studio脚本

覆盖VASP/DMol3/CASTEP多个软件,可实现吉布斯自由能、差分电荷密度、静电势分布计算,截断能收敛性测试、作业批量提交、文件格式转换、晶体状态方程求解等高频计算与实操需求。

还支持玻尔兹曼转换、应力应变曲线执行、氢键统计、势能面求解、随机替换建模、晶型预测等多类科研计算与建模分析操作。

原创脚本

自由能MS
氢键
平面平均差分电荷密度
eos
cutoff

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1. cutoff.pl为截断能收敛性测试的自动执行脚本,可实现批量交作业;
2. dmol3_gibbscorrec2.pl为采用DMol3模块计算特定温度吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;
3. castep_dibbscorrec.pl为CASTEP计算特定温度下吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;
4. vasp_dibbscorrec2.pl为VASP计算特定温度下吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;
5. dmol_edd.pl为使用DMol3直接算片段差分电荷密度的脚本;
6. bulk_planar_average_potential.pl为计算体块结构静电势沿某方向分布的脚本;
7. edd_distr.pl为电荷差分密度的平面加和值沿z轴分布的计算脚本;
8. JOB.txt为DMol3和CASTEP在Linux服务器交作业的脚本;
9. xtd2xyz.pl为杨站长更正的脚本,可将轨迹文件从xtd格式转为通用xyz格式;
10. eos.pl为晶体状态方程曲线求解脚本。
后续会推出更多脚本及其用法介绍,敬请关注!

Materials Studio官方脚本

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290个ASE脚本

290个适配VASP的ASE专属脚本,聚焦DFT计算全流程数据处理与后处理,覆盖能量、电荷、结构等多维度数据解析,支持批量作业提交、结果自动分析、格式快速转换,还可实现键长键角统计、势能面求解、静电势分布计算等实操需求,高效简化繁琐操作,大幅提升VASP计算效率。

140个VASP脚本

这是一套与过渡态、电荷密度、态密度等性质相关的脚本包VTST (Transition State Tools for VASP)。
具体功能包括过渡态计算的初始路线设置和能垒的查看、电荷密度的求和与做差、态密度文件的拆解与作图,这些功能覆盖几乎所有的DFT计算内容,数据处理效率提升99%!
差分电荷密度
功函数
迁移路径
态密度
自由能
脚本特训营

配套分子动力学、高通量计算等脚本特训营,基础脚本实操、进阶数据处理到高阶定制化应用层层递进,手把手教你脚本调用、修改与适配,零基础也能快速掌握,让500个脚本的功能发挥到极致!
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