我有非常大的文件。每个文件几乎是2GB。因此,我希望并行运行多个文件。我可以这样做,因为所有的文件都有类似的格式,所以文件读取可以并行进行。我知道我应该使用多处理库,但我真的很困惑如何将它与我的代码一起使用。
我的文件读取代码是:
def file_reading(file,num_of_sample,segsites,positions,snp_matrix):
with open(file,buffering=2000009999) as f:
###I read file here. I am not putting that code here.
try:
assert len(snp_matrix) == len(positions)
return positions,snp_matrix ## return statement
except:
print('length of snp matrix and length of position vector not the same.')
sys.exit(1)
我的主要功能是:
if __name__ == "__main__":
segsites = []
positions = []
snp_matrix = []
path_to_directory = '/dataset/example/'
extension = '*.msOut'
num_of_samples = 162
filename = glob.glob(path_to_directory+extension)
###How can I use multiprocessing with function file_reading
number_of_workers = 10
x,y,z = [],[],[]
array_of_number_tuple = [(filename[file], segsites,positions,snp_matrix) for file in range(len(filename))]
with multiprocessing.Pool(number_of_workers) as p:
pos,snp = p.map(file_reading,array_of_number_tuple)
x.extend(pos)
y.extend(snp)
所以我对函数的输入如下:
-
文件-包含文件名的列表
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num_of_samples-int值
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segsites-最初是一个空列表,我在读取文件时要将其附加到该列表中。
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位置-最初是一个空列表,我在读取文件时要将其附加到该列表中。
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snp_matrix-最初是一个空列表,我在读取文件时要将其附加到该列表中。
函数返回位置列表和末尾的snp_矩阵列表。在我的参数是列表和整数的情况下,如何使用多处理?我使用多处理的方式给了我以下错误:
类型错误:文件_reading()缺少3个必需的位置参数:“segsite”、“positions”和“snp_matrix”