社区所有版块导航
Python
python开源   Django   Python   DjangoApp   pycharm  
DATA
docker   Elasticsearch  
aigc
aigc   chatgpt  
WEB开发
linux   MongoDB   Redis   DATABASE   NGINX   其他Web框架   web工具   zookeeper   tornado   NoSql   Bootstrap   js   peewee   Git   bottle   IE   MQ   Jquery  
机器学习
机器学习算法  
Python88.com
反馈   公告   社区推广  
产品
短视频  
印度
印度  
Py学习  »  Git

安装GitHub的R包困难解决方案

生信技能树 • 5 年前 • 505 次点击  

相信遇到这样的问题的朋友不在少数,在中国大陆做数据分析,下载软件数据文件遇到困难那是家常便饭。

比如安装GitHub的R包,因为并不是所有的R包都会被正式的发布在CRAN或者bioconductor,所以对于简简单单分享在GitHub的R包一般我们搜索到如下代码:

library(devtools)
# https://github.com/jasdumas/shinyGEO 
install_github("jasdumas/shinyGEO")
if(!requireNamespace("ThreeDRNAseq", quietly = TRUE))
  devtools::install_github('wyguo/ThreeDRNAseq')

一切看起来那么美好

函数下载困难就浏览器下载

实际上,在很多地方,上面这样的代码,都只能是永无休止的等待,甚至是如下所示的错误:

image-20191120214502005

其实还可以先下载GitHub的这个R包的项目文件:

image-20191120212157848

当然了,你可能需要找一个网速稍微好一点的下载渠道,如下所示:

image-20191121170459162

然后再本地安装,这个时候install_github函数可能是有问题的啦,所以需要谷歌搜索,考验大家搜索能力的时候到了,主要是关键词寻找:install github local r package 一般来说,程序员之友论坛就会是答案:https://stackoverflow.com/questions/17366772/install-r-packages-from-github-downloading-master-zip

devtools::install('github/ThreeDRNAseq/')

一般来说,就会成功:

image-20191121222747036

另外一个小技巧

实际上,非常多的时候,我们只是记住了R包的名字,而不知道作者,所以下载的时候给出作者+R包名字有点困难,一个 githubinstall 可以根据R包名字帮你联想,just like install.packages().

library(githubinstall)
githubinstall("AnomalyDetection")
Suggestion:
 - twitter/AnomalyDetection  Anomaly Detection with R
Do you want to install the package (Y/n)?  

githubinstall() suggests GitHub repositories from input package names and asks whether you install it.

当然了,我觉得没啥意思,我通常是连R包都不记得名字,就是复制粘贴嘛!

不过,这个包自己当然是不仅仅这么一点功能啦,感兴趣的可以去看看:https://cran.r-project.org/web/packages/githubinstall/vignettes/githubinstall.html

最后友情宣传生信技能树

Python社区是高质量的Python/Django开发社区
本文地址:http://www.python88.com/topic/50361
 
505 次点击