以前在华大记得有一个同事是让我用Perl写过一次，如今Perl放下一段时间了，还是用Python写吧~

目的：

根据第一列的值，将多个对应的第2、3、4列的内容分别进行整合，以分号分隔

思路（仅以第二列进行说明）

• 遍历每行，提取第一列和第二列
• 第一列作为唯一索引key，构建字典。
• 如果该字典第一次出现该key，则字典的值为第二列值构造出的列表（只有一个值）
• 遍历字典，格式构造，输出文件

#!/usr/bin/env python
#encoding:utf-8
# catch all column2 data into 1 cell by unique column1
#Author Robin 2020/01/18

temp2 = dict()
temp3 = dict()
temp4 = dict()
with open("/share/nas1/Data/luohb/rawdata.mouse.tsv") as f:
    for line in f:
        line = line.strip('\n')
        key, col2, col3, col4 = line.split("\t")
        if key in temp2:
            temp2[key].append(col2)
        else:
            temp2[key] = [col2]

        if key in temp3:
            temp3[key].append(col3)
        else:
            temp3[key] = [col3]

        if key in temp4:
            temp4[key].append(col4)
        else:
            temp4[key] = [col4]

with open("./new_trrust_rawdata.mouse.tsv",  'w') as f:
    for key in temp2:
        col2 = ';'.join(temp2[key])
        col3 = ';'.join(temp3[key])
        col4 = ';'.join(temp4[key])
        line = "%s\t%s\t%s\t%s\n" % (key, col2, col3, col4)
        f.writelines(line)