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武汉新型冠状病毒python可视化及流行病学模型

生信菜鸟团 • 2 月前 • 60 次点击  

hi,欢迎回来。

可视化

今天本来准备继续python可视化的,目标瞄准了这张 疫情地图。

这前期的 推送中,恰好有

一个适用于python的地图可视化
大土豆力,公众号:生信菜鸟团适用于任何学科| 10个好用的 Python数据可视化库


geoplotlib 常用于创建地图和绘制地理数据。您可以使用它来创建各种地图类型,例如,容积率,热图和点密度图。但是必须安装Pyglet(an object-oriented programming interface)才能够使用geoplotlib。

安装

pip install pyglet
pip install geoplotlib

#根据报错进行更新
WARNING: You are using pip version 19.3.1; however, version 20.0.2 is available.
You should consider upgrading via the 'python -m pip install --upgrade pip' command.

绘图

data = read_csv('data/bus.csv'


    
)
geoplotlib.dot(data)
geoplotlib.show()

类似json的格式数据,但是里面有好多地市、自治区的名字对不上…阵亡…

以下就放一下收集到资料吧:

凤凰网上的图比丁香园更拓宽一点,如下图:

也是实时更新的,但是我还是觉得颜色区间分的太大了,整一个大红鸡。于是我要搬出它:

这是一个论坛上给出的网址,其他信息没有细究。红色要突出,需要冷色调去衬托的。以及动态可视化更新还是做得蛮优秀的,值得一提的是,左下角的图例坐标是可以展示在这个区段中城市名称的,正如图中我处碰到的是 50-100 这个区间的城市。地址:

http://missthee.gitee.io/virus-map/dist/index.html

另一个是一个完整的项目了算,但是有点点小的瑕疵,由于并没有及时更新,且数据出现丢失,简单尝试下载,可能是家里网速的问题,并没有下载成功,就没有继续测试了。有兴趣的小伙伴可以参考一下:

https://github.com/wybert/open-wuhan-ncov-illness-data

聊聊最新的

最近的消息很多。上一篇写的到一些信息也有了新的进展。随着法定的春节假期结束,隔离也已经出现了成效,更多的人会回到自己岗位,生产力较以前也会进一步提升,物资缺口压力会慢慢缩小。

还是不展开讨论发文的事情,包括顶尖期刊、中文期刊的某些作者。

1月28日,李兰娟院士带领的团队成功分离获得新型冠状病毒,这对于病毒的变异、病毒的致病力以及通过病毒来研究新型的疫苗,以及抗病毒药物的测试,真的是一个重大好消息。向他们临床应用、及正在一线上的医护工作者、保障工作者致敬。当然,还有你们,快发霉的你们。

新药新疫苗,我们什么时候能等到?

@王王王立铭 现实世界中,科学家和医生手里没有阿拉丁的神灯。总的来说,它们都包括临床前研究-人体临床试验-正式推广应用三个根本无可替代的环节。

只要做到隔离传染源头、切断传播途径、保护易感人群,那么新冠病毒肺炎这种传染病会在短期内被克制。


而对抗病毒感染导致的肺炎,临床医生们也早就有成熟系统的方法,高强度的支持疗法加上抗病毒治疗,绝大多数患者都可以得到有效的治疗。

正确的调校公共卫生措施,有秩序。一切都会好起来的。

番外-流行病学模型

这个是偶然翻到的一个B站视频 @毕导 ,广告一下我们视频哈:

流行病学模型里最简单的SI模型(易感者和感染者),这里假设是所有人都容易感染,且感染上了终生具有感染能力,因此随着时间推移所有人都会被感染上,不管传播接触的传播概率β为多少。

这样子的模型适用于生化危机、HIV。如果感染者康复了会反复被感染,这样会出现一个SIS模型,最后会趋于平衡。

当然也会有存在γ的概率,治疗后康复而免疫某类疾病,因此最终呈现如下图:

对了,本次的疫情中还有潜伏者E,因此模型为SEIR模型,当然潜伏期具有一定的传播能力,假设为β2,a是潜伏期能力(在此取潜伏时间的倒数)

因此。我们宅在家里的意义就出来了。

引用一下金句:

病毒其实不可怕,你宅我宅它就挂。

如果戴口罩可以将β降低到1/10,那么曲线也就消失了。

病毒其实不可怕,带好口罩它也挂。

最后他提到一个 going critical的网站,可视化了传染病的传染路径。

网址如下:https://www.meltingasphalt.com/interactive/going-critical/

推导公式可以尝试理解视频哈。


祝大家平安喜乐,春节愉快哈。

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