前言
在使用R语言进行生信分析时，我们常常面临访问GitHub速度慢、R包安装耗时的问题。今天给大家介绍一下西柚云镜像站（mirror.xiyoucloud.net），其独有的GitHub R包代理服务，能显著提升devtools和remotes安装R包的速度。
如果你对下面的教程比较迷茫，那么你可以先行学习Linux教程：如果你的计算机不足以支持下面流程的计算，可按需选用适合自己的计算资源：实体(稳定高效)：为实验室准备一份生物信息学不动产
访问链接：https://biomamba.xiyoucloud.net/
更多内容可咨询客服微信[Biomamba_kefu]
镜像站简介
- 西柚云镜像站聚合了多种资源仓库，涵盖常用静态资源文件、Docker镜像仓库、Conda仓库、APT仓库、CRAN仓库等，且其独有的GitHub R包代理，能加快devtools和remotes安装R包的速度，为生信科研助力，不再为网络问题无法安装软件而烦恼。
- 各种仓库的使用教程，可以参考西柚云公众号以往发布的文章《西柚仓库集合》或者依据镜像站内的指引使用。
GitHub R包代理介绍
加速GitHub R包安装的一般方法
- 以往我们安装GitHub R包的时候，如果遇到R包下载不下来的情况，有一种安装方式是离线安装，同时我们可以在离线包前面加上代理站的域名来加快离线包的下载。这种方法的缺点在于不能自动处理依赖关系，需要手动安装所有依赖包，这可能导致遗漏或出现版本不兼容的情况。
# 源地址
install.packages('https://github.com/dviraran/SingleR/archive/refs/tags/v1.0.zip', repos=NULL, type="source")
# 加上代理地址
install.packages('https://ghp.ci/https://github.com/dviraran/SingleR/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz', repos=NULL, type="source")
为什么安装GitHub R包很慢甚至超时报错
- 以SingleR这个R包为例，其资源文件就有500MB。在网络条件不佳的情况下，直接从GitHub下载这样的大文件很容易出现超时或者下载失败的情况。
使用西柚云GitHub R包代理的好处
- 使用西柚云的GitHub R包代理，您只需要配置一个host参数，即可享受加速服务。（前提是仓库里已有此R包资源，如果没有，请联系管理员搬运）
devtools::install_github('dviraran/SingleR', host='mirror.xiyoucloud.net')
注意事项
- 如有缺失的R包，请提交申请获取，否则没有加速效果。
- 安装GitHub的R包前需要先配置PAT（Personal Access Token）
- 有时候在安装GitHub包时，会被限速、限流，这个时候可以配置PAT后重试，以确保能够顺利下载。
# SSH终端执行下面的命令，先确保命令行安装了git
sudo apt install git
# Rstudio执行下面的代码
install.packages("credentials")
# 在出现的弹窗中填入上面复制的PAT
credentials::set_github_pat()
结语
西柚云生信镜像站致力于为生信科研人员提供软件配置加速服务，欢迎各位生信科研者的试用，有任何问题请联系西柚云公众号处理，共同建设生信镜像之家。
