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导师:照着这篇本科生5分+文章,做个博士课题!代谢重编程+机器学习,纯生信是真香!

生信塔 • 10 月前 • 375 次点击  

偏临床的在职博士,加上一位“放养型”的导师,这样的组合“闻者伤心,听者落泪”,被“后浪”拍在沙滩上也不在少数了。思路、材料、经费,无一不缺。那该怎么办?
生信塔今天给大家推荐的这篇由本科生一作,发表在“Journal of Chemical Information and Modeling”(中科院2区,5.6分)的纯生信文章,筛选卵巢癌的标记物并构建预后模型。(ps:话说这个期刊属于化学大类,但是生物医学也接收,所以本文选刊也是挺有才的,差异化竞争!)
除了选刊之外,本文从肿瘤热门方向(代谢重编程),以热门的研究方法(机器学习算法),关注卵巢癌的热门临床问题(预后,免疫治疗效果,候选药物),确实值得我们学习。
Ps:“生信挖掘”是典型的“四两拨千斤”,“白嫖”各种已有的多组学测序数据,做起来也是“短平快”,适合于思路、样本、经费稀缺的小伙伴!换个疾病或者研究方向,就能复现。小伙伴如果感兴趣,欢迎滴滴生信塔哦。


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研究背景
本文以代谢重编程的角度,通过分析并构建“代谢相关基因预后指数(MRGPI)”,对卵巢癌(OC)的预后和免疫治疗反应进行预测。    
数据来源
研究思路
如下图,作者利用WGCNA 分析代谢相关基因,鉴定出与肿瘤分期相关的基因模块;利用Cox回归筛选预后基因,构建MRGPI 模型并对患者进行分组,比较患者的组间差异;用TIDE 方法和 SubMap算法,对不同MRGPI 亚组的患者的免疫治疗反应进行预测,筛选对高 MRGPI亚组患者的潜在药物。    
研究结果
1.OC共表达的代谢模块显示与肿瘤分期相关的特征    
图2鉴定与肿瘤分期相关的共表达代谢基因模块
2.代谢相关基因预后指数按特定预后特征划分患者群体    
图3MRGPI模型的构建与评价
3.MRGPI亚群的异常分子特征和基因组变异    
图4MRGPI模型的验证
4.低MRGPI组表现出高水平的免疫细胞浸润    
图5MRGPI亚群的分子和突变特征
5.低MRGPI患者从抗PD-1免疫治疗中受益    
图6MRGPI亚群的肿瘤免疫微环境    
图7MRGPI亚组对免疫治疗的敏感性
6.针对高MRGPI人群的候选药物    
图8高MRGPI患者潜在治疗药物的鉴定
小结
本文是属于标准的生信挖掘文章,整个研究0实验。在恰当的选刊基础上,利用代谢重编程热点方向,以机器学习算法,关注卵巢癌的免疫治疗效果等因素。对于缺思路,缺样本,缺经费的小伙伴来说,性价比拉满。换个疾病或者研究方向,就能复现。小伙伴如果感兴趣,欢迎滴滴生信塔哦。

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