wsl2+python+conda+jupyterlab：配置记录

最近要学习Python处理单细胞，跟着scanpy的tutorial跑流程，发现这句代码一直报错：sc.tl.leiden(adata, flavor="igraph", n_iterations=2)，网上搜了一下发现是在Windows中的一个小bug，详情见：sc.tl.leiden with flavor='igraph' raises an (ignored by igraph) “ValueError: high is out of bounds for int32” · Issue #3028 · scverse/scanpy。

所以我安装了wsl，试试在wsl中能不能跑通，简单记录下wsl+python+conda+jupyterlab的安装。

• 安装wsl

• 开启功能

• 安装内核更新包

• 安装Ubuntu

• 修改apt镜像

• 修改pip镜像

• 安装conda

• 安装jupyterlab

unset unset安装wslunsetunset

开启功能

我的系统版本是Windows 11专业版 23H2：

按下win+r，输入control打开控制面板，打开程序和功能：

点击启用或关闭Windows功能

把以下3项勾上，然后重启电脑：

安装内核更新包

power shell 以管理员方式运行(如果不升级可能会遇到报错，这个命令需要科学上网)：

wsl --update

将 WSL 默认版本设置为 WSL 2：

    
wsl --set-default-version 2

安装Ubuntu

打开Microsoft Store，安装Ubuntu即可，我选的22.04

安装完成后就可以在开始菜单看到了，点击即可运行，第一次需要创建账号和密码，要牢记！

win11现在默认的终端非常美观，直接用即可，各种设置都是可以直接点点点修改的，比如界面、字体、图标、配色等：

unsetunset修改apt镜像unsetunset

• 查看默认apt源:cat /etc/apt/sources.list
• 更新apt镜像源，安装软件更快
• 
  
• 先备份源文件：sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup
• 编辑源文件：sudo vim /etc/apt/sources.list
• 进入vim编辑器，在普通模式下（输入上面的代码后默认就是普通模式），使用dd（dd是vim中的命令，表示删除整行内容），删除所有内容，然后去搜索apt清华源(或者阿里源：阿里巴巴开源镜像站-OPSX镜像站-阿里云开发者社区)，复制并粘贴（直接鼠标右键）到vim，然后输入：wq。然后输入sudo apt update（会输出很多信息），然后输入sudo apt upgrade（会输出更多信息）

ubuntu22.04默认已经安装Python3.10，输入python3 --version可查看版本；但是没有安装pip，可以使用sudo apt install python3-pip安装

unsetunset修改pip镜像unsetunset

接下来修改pip的镜像：

# 清华
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
# 或者阿里
pip config set global.index-url https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/



    

查看设置的结果：

pip config list

unsetunset安装condaunsetunset

安装conda，方便管理软件

• 首先到清华conda镜像（Index of /anaconda/miniconda/ | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror）下载miniconda linux版安装包，当然也可以直接wget官网的包，但是很慢；

  # 这个
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py310_24.11.1-0-Linux-x86_64.sh
  
  # 或者这个，我选择最新的
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  

• 然后用mv命令把安装包移动到/home/liyue/的某一个文件夹下，最好自己建一个新文件夹，用来放各种安装包，方便管理；

• 运行安装命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，安装过程中注意同意或者回车（卖萌哥的教程：conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新） - 简书）

• 安装完成后，会告诉你如果不想每次启动Linux时默认启动conda的base环境，可以使用命令conda config --set auto_activate_base false

• 更改conda镜像为清华源（anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror）或者其他源（Anaconda 软件仓库镜像使用帮助 - MirrorZ Help）：

  # 我选的上科大的镜像
  conda config --add channels https://mirrors.shanghaitech.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  conda config --add channels https://mirrors.shanghaitech.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  conda config --add channels https://mirrors.shanghaitech.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
  conda config --set custom_channels.conda-forge https://mirrors.shanghaitech.edu.cn/anaconda/cloud/
  conda config --set custom_channels.bioconda https://mirrors.shanghaitech.edu.cn/anaconda/cloud/
  
  # 显示安装的频道
  conda config --set show_channel_urls yes 
  # 查看已经添加的频道
  conda config --get channels
  

• 创建新环境，彼此之间不会污染

unsetunset安装jupyterlabunsetunset

直接使用pip安装即可：

pip install jupyterlab

安装完成后，输入jupyter lab，发现运行不了，然后我关闭wsl，再重新打开，发现就可以顺利运行了。。。

我使用conda创建了一个叫sc的小环境，然后安装了scanpy这个包，激活这个小环境后，再运行jupyter lab，发现在jupyter中import scanpy as sc总是报错找不到这个包，搜索后发现是因为内核不在同一个位置导致的。

pip安装的这个内核在：

import sys
print(sys.path)

['/usr/lib/python310.zip', '/usr/lib/python3.10', '/usr/lib/python3.10/lib-dynload', '', '/home/ayue/.local/lib/python3.10/site-packages', '/usr/local/lib/python3.10/dist-packages', '/usr/lib/python3/dist-packages']

但是sc这个小环境的包位于conda的目录下，所以导致import失败：

于是根据这篇教程（Jupyter Lab 使用 conda 虚拟环境_jupyterlab 怎么读出conda虚拟环境-CSDN博客）修改，给已经创建好的sc这个小环境添加ipykernel：

# 给小环境sc添加ipykernel
conda install -n sc ipykernel# 激活小环境conda activate sc
# 将小环境写入jupyter lab的kernel中
python -m ipykernel install --user --name sc --display-name "sc"

这样就可以切换内核了：

切换内核后，再import就不会报错了，就可以顺利使用这个小环境的包了。