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2025了,网药该升级啦!NHANSE+机器学习+中介分析+网络药理学,创新组合拿下12分+!0实验49天接收,一个字强!

生信图书馆 • 2 月前 • 97 次点击  

之前跟大家分享过不少网络药理学的文章,不知道大家有没有看腻呀?今天咱们来点不一样的!

熟悉网络药理学的朋友应该了解其大致发文套路:选定药物与疾病→药物与疾病靶点获取→构建网络模型→功能分析→实验验证,这也是比较经典、且稳妥的发文思路。

从以上思路可以看出,要想发网药,首先得确定要研究的药物和疾病,那要是确定不下来呢?或者只知道一个大致的影响因素可以做吗?

嘿嘿,在馆长这里一切皆有可能!大家研究的疾病应该固定的吧,咱们可以先疾病入手,选择一到多个大致可能对其有影响的因子,基于NHANSE中海量的数据,利用机器学习孟德尔随机化探究其与疾病的关系,确定关键化合物,然后利用网络药理学分析潜在靶点和机制。

理论部分结束,下面咱们上文章!这是河北医科大学团队发表在中科院一区TOP刊《Journal of Hazardous Materials》上的文章,研究运用基于NHANSE数据库,利用加权广义线性模型、加权分位数和、贝叶斯核机器回归等机器学习方法,结合因果中介分析网络药理学分析,全面深入地探究挥发性有机化合物(VOCs)青少年生长的影响,剖析其潜在机制,为公共卫生领域应对环境污染物危害提供关键依据。

PS:网药最初进入我们的视野,总是与中医药等药理相关的文章出现。那么与NHANSE+机器学习+中介分析的结合就会让审稿人眼前一亮,趁着新思路文章少,有需要的小伙伴快来找馆长定制分析吧!

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l题目:青少年挥发性有机化合物暴露和生长指标:揭示关联和潜在干预策略

l杂志:Journal of Hazardous Materials

l影响因子:IF=12.2

l发表时间:20249

研究背景

随着工业化发展,环境污染尤其是VOCs对健康影响受关注。青少年生长受环境因素影响显著,而目前关于VOCs对青少年生长影响的研究不足。本研究旨在填补这一空白,探究VOCs暴露与青少年生长指标的关联,对制定预防策略和理解其危害有重要意义。    

研究思路

1. 数据来源与处理:从NHANES 2011 - 2018选取746名青少年数据,测量VOCs代谢物、身体指标、BMD、维生素D等,进行数据校准和转换。

2. 分析VOCs与生长指标关系

    - 运用加权GLM分析单个VOC与生长指标关系,筛选关键VOC。

    - 用WQS和BKMR模型评估混合VOCs对生长指标的影响。

3. 探究BMD的中介作用

    - 分析VOCs与BMD的关系。

    - 明确BMD与生长指标的关联。

    - 评估BMD在VOCs与生长指标关系中的中介效应。

4. 进行亚组和敏感性分析:按不同因素分层分析,采用多种方法进行敏感性分析,确保结果稳健。

5. 探索潜在机制和干预策略

    - 通过网络药理学分析潜在机制,发现与IL - 17信号通路相关。

- 研究维生素D对VOCs与BMD和生长指标关系的影响,提出补充维生素D可能是干预策略。    

主要结果

1、基线特征

该研究包括746名参与者,中位年龄为15.0岁,50.5%为男性。    

表1 基线特征

2、VOCs与生长指标的关系

通过加权GLM、WQS和BKMR模型分析,发现多种VOCs与青少年生长指标(如身高、体重、BMI等)呈负相关,且在混合暴露时也呈现类似结果。    

表2 单种 VOC 代谢物与生长指标的关联

图1 LASSO回归分析    

图2 WQS回归分析

图3 BKMR模型分析

3、BMD的中介作用

BMD在VOCs混合物与生长指标关系中起中介作用,不同类型BMD中介比例不同,如亚总BMD在部分指标中介比例较高    

图4 总骨密度在尿中挥发性有机化合物与生长指标之间的中介作用

图5 小计骨密度在尿中挥发性有机化合物与生长指标之间的中介作用

图6 腰椎骨密度在尿中挥发性有机化合物与生长指标之间的中介作用

4、亚组分析结果

种族、PIR、家庭吸烟情况和身体活动对VOCs与生长指标关联无显著影响,但性别显著改变该关联,男性受VOCs影响更明显。

5、敏感性分析结果

多种敏感性分析方法(PCA、调整协变量等)表明VOCs与青少年生长指标的负相关关系具有稳健性。    

6、机制与靶点信息

为了进一步探讨混合暴露VOCs对生长指标的影响机制,通过网络药理学分析,发现VOCs可能通过影响IL - 17信号通路及相关蛋白(如IL - 1β、CASP3等)影响青少年生长。

图7 VOCs的潜在靶点和机制相关信息

8. 维生素D的作用    

维生素D缺乏青少年中VOCs与生长指标和BMD的负相关更显著,膳食维生素D摄入与BMD和生长指标呈正相关。

文章小结

本文借助NHANES丰富的数据资源,利用机器学习模型、中介分析以及网络药理学方法,深入探究了挥发性有机化合物(VOCs)对青少年生长指标的影响。这几种方法相得益彰,与网络药理学携手共进,0实验39天拿下12.2分,一个字强!如果你也想凭借生信手段弯道超车,想要重现本文分析逻辑,欢迎联系馆长,助力您的科研更上一层楼!

馆长有话说

馆长会持续为大家带来最新生信思路,也可以提供特色数据库构建、免费思路评估、付费生信分析等服务,对数据库构建和生信分析感兴趣的朋友可以咨询馆长哦!

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