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“网络毒理学”和这本“一区10分期刊”太搭了!青岛大学团队,“网毒+机器学习+分子对接”,堪称范文!

生信塔 • 1 周前 • 72 次点击  

对于“网络毒理学(network toxicology,NT)”的发文效果,生信塔就直接上数据。如下图,经pubmed检索可见,NT的发文量在去年(2024年)实现近5倍的增长;今年(2025年)尚未过半,再次达到去年的2倍。粗略估计,2年就实现20倍的增长,可见“网络毒理学”的逆天涨幅!

如果你对“网络毒理学”心动了,那就跟着生信塔的思路走,我们从“期刊”到“思路”,都给大家做个分享。

首先说一下对“网络毒理学”友好的期刊。根据各个期刊公开数据的查询,我们汇总出如下10个期刊及其信息,大家在投稿时,可以根据自己的需求进行选择。

当然,如果你的发文要求更高,比如需要10分+,那么生信塔就隆重推荐下面这个期刊。

“Environmental Science & Technology”,美国化学会(ACS)旗下的环境科学领域顶级期刊(中科院环境科学与生态学1区,影响因子 10.9),尤其重视环境毒理学与新兴分析方法(如组学技术、计算模拟)的融合研究,网络毒理学作为“毒性机制高效解析工具”非常符合其选题导向。而且,该期刊2023年共接收了约1600篇稿件,发文量巨大,值得大家关注。

看完了期刊,我们再聊聊“网络毒理学”的选题和分析方法。那么生信塔就以“Environmental Science & Technology”期刊的一篇范文进行解读。这篇文章是由青岛大学等团队,于6月3号发表,研究芳基有机磷酸酯(aryl-OPEs)对止血平衡的潜在干扰及其机制。其创新点如下:            
1,多技术整合策略:首创“计算预测→体外验证→网络毒理→人群风险评估”全链条研究框架,将机器学习筛选(85种OPEs)、分子对接(15个凝血靶点)与湿实验(血小板功能+凝血参数)深度整合,显著提升机制挖掘深度。

2,网络毒理学的靶点筛选;通过网络毒理学(GalaxySagittarius-AF深度学习+STRING互作网络)锁定核心靶点PPARγ,并实验验证其介导血小板异常激活的机制。

3,人工智能(机器学习)的应用:作者利用XGBoost算法(RMSE最低)从85种OPEs中精准筛选出苯环结构(aryl-OPEs)为关键毒性基团,效率远超传统QSAR模型。

综上,“网药毒理学”不愧为当前的“流量”担当,而且不仅是环境毒物研究方向,广大中医/药学研究人员,也可以用来分析药物的毒理作用。再结合上生信塔分享的“优秀期刊+创新分析思路”,助力大家顺利发文!找不到合适选题?自己实操有难度的朋友,直接找生信塔,你的得力助手已就位,思路设计、个性化分析都可胜任!

题目:芳基有机磷酸酯和止血干扰:通过机器学习和实验验证识别风险

研究思路解构

1.背景:芳基有机磷酸酯(aryl-OPEs)环境广泛存在,可能干扰人体止血平衡,但其对止血系统的影响及机制尚不清楚

2.思路方法

1)分子对接与机器学习分析:对85种环境普遍存在的OPEs样本,使用分子对接技术,分析其与15种止血平衡关键蛋白的结合亲和力;同时运用机器学习算法(随机森林、LightGBM、XGBoost和Stacking模型),评估OPEs结构特征与蛋白结合亲和力的关系,筛选出具有显著干扰潜力的芳基-OPEs。

2)体外实验验证:对筛选出的典型芳基-OPEs样本(BDP、CDP、RDP和TPP),采用体外实验方法,验证其对止血平衡的扰乱作用。

3)网络毒理学与机制分析:利用网络毒理学方法,结合GeneCards和CTD数据库,分析芳基-OPEs与止血平衡相关的基因和通路;通过GalaxySagittarius-AF、Swiss TargetPrediction和CTD数据库预测OPEs的潜在靶基因,与止血平衡相关基因取交集后,进行GO和KEGG通路富集分析,挖掘关键靶点PPARγ;最后通过分子对接和实验验证PPARγ在芳基-OPEs扰乱止血平衡中的关键作用。 

4)人群健康风险评估:整合体外实验得到的基准剂量下限(BMDL)数据和人群血液中OPEs的暴露浓度数据,计算OPEs对人群止血平衡的健康风险,评估特定芳基-OPEs(如BDP和CDP)对普通人群的潜在风险。

主要结果展示

1. 通过对85种OPEs进行分子对接和机器学习分析,发现芳基-OPEs因苯环结构对止血平衡干扰潜力最大,最终筛选出BDP、CDP、RDP和TPP作为代表性化合物。

2. 体外实验表明,BDP、CDP、RDP和TPP能增强血小板功能相关指标和加速血液凝固,扰乱止血平衡,且影响程度排序为BDP > CDP > RDP > TPP

3. 网络毒理学分析揭示PPARγ是芳基-OPEs扰乱止血平衡的关键靶点,相关实验验证了PPARγ在其中发挥的重要作用。

4. 结合体外实验和人群暴露数据评估发现,BDP和CDP对普通人群的止血平衡存在中等风险,而RDP风险较低。

生信塔点评

综上,这篇网络毒理学文章有如下几点可供参考            
1,易于复现:本文的整个分析流程,可完整迁移至其他污染物(如微塑料、重金属等)、中医药复方等的毒性机制研究。

2,创新层次高:“网络毒理学+机器学习”(干)指导(湿)实验,特别是机器学习的应用,在尽量扩充分析数据的情况下,避免“盲目验证”,提升“干湿结合”的成功率。

3,契合期刊偏好:“Environmental Science & Technology”作为毒理顶刊(IF>11),青睐计算模拟+实验验证+人群应用三位一体研究。

良好的选刊,结合创新选题,再加上完善的分析技术,跟着这种一区文章的思路,哪怕是复现一篇二区文章,也性价比很高了!朋友们要是对这个思路复现感兴趣的话,赶紧滴滴生信塔,个性化定制分析就等你来!十年分析经验,成本周期可控,性价比很高!

生信塔有话说


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