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【共病分析纯生信套路】只要有两个关联性疾病,就能模仿青岛大学“机器学习+WGCNA+衰老”发Q1

生信图书馆 • 4 月前 • 386 次点击  

哈喽宝子们,你们的馆长又来给大家找新方向了!今天给大家分享一篇关于“共病分析”的内容,即一种疾病引发另一种疾病或者两种疾病同时存在,算是一个非肿瘤研究的首选方向,对于想要短平快发文但是又没有太多基础的宝子们来说性价比很高,而且可复现性强。

这是一篇青岛大学团队近期发表的内容,疾病选择的是骨关节炎(OA)伴随代谢综合征(MetS),而且还是以“衰老”为切入点,首次系统性的评估了衰老相关基因在OA和MetS之间的作用,具有较高的研究意义。思路上整合了WGCNA 、IHC和机器学习方法,从多个层面对与衰老相关的生物标志物进行筛选,用于OA并MetS诊断。这种同时从基因、蛋白质和免疫细胞浸润的角度进行验证,也进一步增强了结果的可靠性。

(共病分析最关键的就是对于疾病的选择,选的创新越高,后面不需要做实验也能发SCI,不确定如何选题的可以来滴滴馆长,专业团队为打造专属的方案与分析!

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研究背景

衰老对OA和MetS的发病机制有显著影响,但其潜在机制尚不清楚。本研究旨在确定骨性关节炎合并MetS患者的衰老相关生物标志物。

研究思路    

OA和MetS数据集以及衰老相关基因(ARGs)从公共数据库中检索。采用limma包识别DEG,WGCNA筛选基因模块,并采用RF、SVM、GLM和XGB等机器学习算法。列线图和ROC曲线评估诊断价值,CIBERSORT分析免疫细胞浸润。(数据的分析与处理怎么能少得了生信服务器,给数据运行加速,发文快人一步!)

          

 

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研究结果

1.正常和OA样本间DEGs的鉴定    

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2.WGCNA构建及基因模块筛选

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3.功能富集分析

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4. 通过各种机器学习算法筛选中心基因

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5.构建诊断模型

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6.诊断价值评价

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7.免疫浸润分析

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文章小结

研究通过机器学习构建预测模型揭示了在OA伴MetS患者中发现了5个与衰老相关的生物标志物,并且这些基因与免疫细胞浸润有关,为临床的预测诊断提供了新工具。如果你还在为选题迷茫,那不妨来试试共病分析这个赛道,各个领域都能适用,而且无论是机器学习还是MR都能结合,有想法的就快来找馆长帮你定制专属方案和个性化生信分析吧

馆长有话说

馆长会持续为大家带来最新生信思路,也可以提供特色数据库构建、思路评估、生信分析等服务,对数据库构建和生信分析感兴趣的朋友可以咨询馆长哦!

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