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IF=10.7,0实验成本搞定脂质代谢药靶分析!如何整合孟德尔+多组学+机器学习?

挑圈联靠 • 2 月前 • 144 次点击  

欢迎来看雪球的生信套路!抗日战争胜利80周年纪念日,战机、导弹轮番震撼登场,渴求进步的医学科研人,今天可以学什么样的发文方法?


整合多组学数据、机器学习算法,做药物靶点预测研究能有多香?无需申请伦理,纯公共数据,连续3年每年2篇Nature大子刊发文。潜力、实力,无需多言。接下来,我们一起看看如何逐级对标,学到独立发文的能力。

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Prioritization of Lipid Metabolism Targets for the Diagnosis and Treatment of Cardiovascular Diseases

心血管疾病诊疗中脂质代谢靶点的优先级确定


期刊:Research(Science Partner Journal)

IF:10.7

发布时间:2025/02/19


 技术路线 


基因列表构建

整合KEGG/Reactome数据库,得到881个与脂质代谢相关的基因。


QTL映射

在eQTLGen与deCODE数据库中匹配到25,115个显著QTL(P≤1×10⁻⁵),覆盖609个基因。


两样本MR因果推断

在发现队列(ebi-a-GCST90086053,n=56,637)与验证队列(finn-b-I9_CVD,n=218,792)中共同识别54个因果基因(30个正向、24个负向)。


共定位分析(Colocalization)

29个基因PH4>0.8(强共定位),12个0.5


多维度评分与靶点优先级排序

评估基因的新颖性与成药潜力,29个基因被定为高优先级治疗靶点;其中13个已有上市或临床阶段药物。


PheWAS反向验证

评估靶基因与CVD多种并发症的关联广度,29个基因均关联3–5种CVD并发症;FADS2、HSD17B12、GSTM4等贡献最显著


药物-靶点-疾病网络构建

构建DrugBank/ChEMBL网络,锁定α-亚麻酸、Glutathione、Ezetimibe、Finasteride等可直接再利用或重定位的药物


血清蛋白质组+机器学习建模

开发基于血液蛋白的CVD无创早诊模型,发现5种差异表达蛋白(HPGD、PIP4K2C、PTGR1、MLYCD、GSTM4)

XGBoost模型在60例样本(30 CVD vs 30 健康)中AUC=0.961,整体准确率96.1%,特异性97.0%。


功能注释与通路分析

解析候选基因在脂质代谢中的生物学作用,54个基因富集于磷脂、脂肪酸、胆固醇、PPARα、鞘脂及甘油三酯代谢等7条核心通路。



 研究结果 


Fig 2 脂质代谢调节靶点与 CVD 风险之间联系的 MR 和共定位研究结果总结


Fig 3 用于反向识别 CVD 潜在靶点的表型组水平分析


Fig 4 分析涉及 CVD 中 13 个潜在药物靶点的关联和相互作用


Fig 5 使用 5 蛋白机器学习的 CVD 预测模型


这种研究设计,突破了传统的单基因研究方法,能够揭示多基因间的复杂相互作用,寻找潜在的诊断和治疗靶点。0自测+0实验+0伦理,不仅可以发出至少1篇SCI,还能冲击高分、作为课题前期工作等,一举多得。


对科研小白来说,其中的基因筛选、机器学习模型构建、因果关系验证,都可以进行系统的入门学习,尝试独立发文。


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