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8.9/Q1,蛋白组+基因组双剑合璧!老药靶PI3K/mTOR靠机器学习再封神,发8+分髓系肿瘤标志物

生信Othopadics • 7 月前 • 245 次点击  

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今日文章亮点:研究创新性地整合转录组、蛋白质组与磷酸化蛋白质组数据,构建了骨髓恶性肿瘤的预后蛋白基因组特征。该生信方法超越了单组学局限,精准识别出依赖PI3K/AKT/mTOR通路的“高危险”亚群,为靶向治疗提供了新依据。其优势在于多组学整合的系统性视角,但挑战也在于此类研究的临床验证门槛高、数据整合分析复杂。

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下面和小骨一起来看具体文章内容吧!

文章标题:A proteogenomic gene signature defines prognostic subgroups highlighting PI3K/AKT/mTOR signaling pathway as a therapeutic vulnerability in myeloid malignancies

中文标题:蛋白质基因组学标记定义预后亚群强调PI3K/AKT/mTOR信号通路是髓系恶性肿瘤治疗的脆弱性

发表期刊Cell Commun Signal

发表时间2025年12

影响因子8.9/Q1


研究背景


髓系恶性肿瘤,包括急性髓系白血病(AML)和骨髓增生性肿瘤(MPN),表现出重叠的病理生理。慢性MPNs可转化为继发性AML(sAML),预后差,治疗选择有限。然而,白血病转化的过程和预后意义仍不完全清楚。

研究方法


研究通过双向孟德尔随机化(MR)分析,发现MPN的遗传易感性可以显著预测AML的发生风险,MPN是白血病的前兆。为了确定这种风险的中介因子,研究整合了人群水平的血浆蛋白质组学数据,确定了55个与MPN相关的蛋白。通过与BEAT-AML队列的综合分析,开发了一个预后蛋白质基因组学特征,表明CDCP1、CRISP3和DXCR的高表达和MPO水平的低表达与AML预后不良相关。研究进一步进行了药物基因组学分析,以确定高危AML对PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制的脆弱性。体外和体内实验验证了mTOR抑制对髓系恶性肿瘤的疗效。

文章结果

MR分析揭示与骨髓疾病风险相关的蛋白质


MPN是AML的遗传风险因素(单向因果)。

共享风险位点:JAK2基因(rs10974960)。

筛选出55种MPN风险相关血浆蛋白。

在BEAT-AML队列中构建用于预后预测的蛋白基因组学基因标签


4基因标签:MPO↓ + CDCP1/CRISP3/DCXR↑ 提示不良预后。

风险评分有效分层:高风险组生存期显著缩短(11.9月 vs 21.9月)。
单细胞数据:基因在髓系祖细胞/AML细胞中富集。

在TCGA-LAML队列中验证蛋白基因组学基因标签



在TCGA-LAML队列中,该标签展现出稳健的预后预测能力,高风险组中位生存期显著更短。
临床相关性分析显示,风险评分与多个已知的不良预后临床特征(如高龄、ELN2017不良风险、特定FAB亚型等)显著正相关。

蛋白基因组学基因标签区分具有不同免疫景观和炎症谱的AML患者


免疫细胞浸润分析显示,高风险组单核细胞异常增多,免疫景观发生重塑。
转录组分析进一步揭示高风险组存在显著的炎症信号激活,包括干扰素、NF-κB等通路。

蛋白基因组学基因标签区分具有不同突变景观的AML患者


突变谱分析发现,高风险组显著富集DNMT3A和RUNX1等不良预后突变,印证了标签的生物学和临床意义。

药物基因组学分析揭示高风险AML对PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制的不同脆弱性

药物敏感性预测模型显示,高风险患者对PI3K/AKT/mTOR通路抑制剂具有更高的预测敏感性,提示其可能成为治疗靶点。

PI3K/AKT/mTOR抑制破坏AML细胞的致癌信号


在细胞模型中,PI3K/mTOR双抑制剂Omipalisib能下调预后标签基因的表达,并有效抑制白血病细胞的增殖、代谢并诱导凋亡。

PI3K/AKT/mTOR抑制在体内治疗髓系恶性肿瘤有效

在小鼠AML和MPN模型中,Omipalisib治疗均显示出显著疗效:延长生存期、降低白血病负荷、改善脾肿大,并抑制骨髓中的炎症信号。

研究意义

揭示了MPN和AML共同的分子特征,确定了危险分层的预后基因特征,并为PI3K/mTOR抑制作为髓系恶性肿瘤的一种有前途的治疗策略提供了理论基础。


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