如何在Python脚本中将Perl修改的内容写入文件?

Leon • 6 年前 • 2384 次点击

new_dat_file="14689_bondlength.prmfrm.dat"
new_csv_file="14689_bondlength.prmfrm.csv"
perl -p -e 's/\\t\s+|\s+/,/g' $new_dat_file |perl -p -e 's/,FRAM/\\nFRAM/g' >  $new_csv_file

以上代码在Linux中工作。我在Python脚本中改进了它们。如果我使用下面的命令

import os
new_dat_file="14689_bondlength.prmfrm.dat"
new_csv_file="14689_bondlength.prmfrm.csv"
cmd = "perl -p -e 's/\\t\s+|\s+/,/g' " + new_dat_file + " |perl -p -e 's/,FRAM/\\nFRAM/g' 
os.system(cmd)

我能正确地看到输出。但是,如果我像下面这样修改cmd值以将输出保存到csv文件中,但是我得到了一个空文件。

cmd = "perl -p -e 's/\\t\s+|\s+/,/g' " + new_dat_file + " |perl -p -e 's/,FRAM/\\nFRAM/g' > " + new_csv_file

顺便说一下:下面列出了部分数据

FRAM_#            0            0(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  1.008
FRAM_#          100           25(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  0.955
FRAM_#          200           50(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  0.993
FRAM_#          300           75(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  0.973
FRAM_#          400          100(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  0.988
FRAM_#          500          125(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  1.033
FRAM_#          600          150(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  1.032
FRAM_#          700          175(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  0.986
FRAM_#          800          200(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  1.061
FRAM_#          900          225(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  1.078
FRAM_#         1000          250(fs)  CN= 1 PRMRYTGT     14689      H      15449      O  0.922
FRAM_#         1100          275(fs)  CN= 2 PRMRYTGT     14689      H      17402      O  1.257     15449      O  1.430
FRAM_#       303200        75800(fs)  CN= 0 PRMRYTGT_BD     14689      H
FRAM_#       921200       230300(fs)  CN= 1 PRMRYTGT_BD     14689      H        8375      O  1.062
FRAM_#      1078700       269675(fs)  CN= 1 PRMRYTGT_BD     14689      H       12971      O  1.507
FRAM_#     18203400      4550850(fs)  CN= 1 PRMRYTGT_BD     14689      H       16172      O  1.507

我希望得到如下输出:

FRAM_#,0,0(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.008
FRAM_#,100,25(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.955
FRAM_#,200,50(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.993
FRAM_#,300,75(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.973
FRAM_#,400,100(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.988
FRAM_#,500,125(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.033
FRAM_#,600,150(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.032
FRAM_#,700,175(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.986
FRAM_#,800,200(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.061
FRAM_#,900,225(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.078
FRAM_#,1000,250(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.922
FRAM_#,1100,275(fs),CN=,2,PRMRYTGT,14689,H,17402,O,1.257,15449,O,1.430

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文章 [ 3 ] | 最新文章 6 年前

• 1 楼

Polar Bear 6 年前

此任务非常简单-将所有顺序空格[+]替换为逗号[,]--完成。

use strict;
use warnings;
use feature 'say';

my $infile  = shift || die 'Provide input file';
my $outfile = shift || die 'Provide output file';

my $fh;     # filehandle

open $fh, '<', $infile
    or die "Couldn't open $infile";

my @data = <$fh>;

close $fh;

open $fh, '>', $outfile
    or die "Couldn't open $outfile";

for (@data) {
    chomp;
    s/ +/,/g;
    say $fh $_;
}

close $fh;

FRAM_#,0,0(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.008
FRAM_#,100,25(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.955
FRAM_#,200,50(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.993
FRAM_#,300,75(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.973
FRAM_#,400,100(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.988
FRAM_#,500,125(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.033
FRAM_#,600,150(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.032
FRAM_#,700,175(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.986
FRAM_#,800,200(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.061
FRAM_#,900,225(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,1.078
FRAM_#,1000,250(fs),CN=,1,PRMRYTGT,14689,H,15449,O,0.922
FRAM_#,1100,275(fs),CN=,2,PRMRYTGT,14689,H,17402,O,1.257,15449,O,1.430
FRAM_#,303200,75800(fs),CN=,0,PRMRYTGT_BD,14689,H
FRAM_#,921200,230300(fs),CN=,1,PRMRYTGT_BD,14689,H,8375,O,1.062
FRAM_#,1078700,269675(fs),CN=,1,PRMRYTGT_BD,14689,H,12971,O,1.507
FRAM_#,18203400,4550850(fs),CN=,1,PRMRYTGT_BD,14689,H,16172,O,1.507

• 2 楼

Onyambu 6 年前

这在perl中很容易实现。召回 \s 包括 \n\t\r . 你需要 \h 任何水平空间,不包括换行

 perl -pe 's/\h+/,/g' $new_dat_file > $new_csv_file

• 3 楼

tripleee 6 年前

恐怕您的Perl脚本编写技能也有点有限。无论如何,这都很容易在Python中实现。

import re

new_dat_file = "14689_bondlength.prmfrm.dat"
new_csv_file = "14689_bondlength.prmfrm.csv"
with open(new_dat_file) as input, open(new_csv_file, 'w') as output:
    for line in input:
        line = line.rstrip('\n')
        line = re.sub(r'\\t\s+|\s+', ',', line)
        # line = line.replace(',FRAM', r'\\nFRAM')
        output.write(line + '\n')

\\t 是反斜杠和小写 t ,鉴于 \t 表示选项卡。

FRAM .

如果你真的,真的想用一个外部的过程,我会

import subprocess

with open(new_dat_file) as input, open(new_csv_file, 'w') as output:
    subprocess.run(['perl', '-p', '-e', 's/\\t\s+|\s+/,/g; s/,FRAM/\\nFRAM/g'],
    stidin=input, stdout=output, check=True)

也许和上面一样,切换到 perl -l

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