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单细胞+机器学习就能上6+!二区top!不做实验也能发!(免费学)

挑圈联靠 • 1 月前 • 125 次点击  

不想加湿实验又想发高分?

速速跟着小编来看看最近发布的这篇诊断模型的二区Top 6+SCI!

作者通过整合单细胞测序和机器学习技术,深入解析了肺纤维化的细胞和分子机制,并开发了一个新的诊断模型,为肺纤维化的精准医疗提供了新的视角和工具。


期刊:Journal of Translational Medicine(IF=6.1)

发布时间:2025/01/02

别看这篇文章使用了单细胞+机器学习的分析,你就觉得硬件要求、代码能力门槛高,不敢上手做复现。

随着各类科研工具的增加,以前咱们觉得特别高大上的分析,纷纷都更好上手了。

接下来,小编就带大家尝试使用各种工具,去攻克复现过程中可能会遇到的疑难杂症→拆解文献、查数据、分析数据、绘制图表,轻松拿下~


小编有话说:

0基础科研入门?小编建议你一定要从复现文章开始~

通过完整复现一篇文章(如预后模型、单细胞分析等),你能够快速掌握数据下载、清洗、可视化、统计建模等全流程技能。

当你复现3篇以上同类型文章后,可尝试组合不同文章的分析模块(如A文章的筛选方法+B文章的验证策略+C文章的机制探索),逐步过渡到原创研究。

“复现→迁移→创新”,三步成就狂发SCI梦~

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0基础读文献?

一键生成文献精读报告!

这里推荐使用解螺旋NewIdea的“文献精读报告”功能应用。

点击上传文献(PDF格式,单文件15MB以内),点击提交,仅需几分钟,就能拆解好文献。

研究背景、研究发现、图片解读、临床意义、实验策略、主要结论,都整理好了~

生成内容如下,滑动即可查看全部↓

点击查看大图


0基础查数据?

一键获取GEO/TCGA等数据库信息!

通过对本篇文章的详细拆解,我们可以发现:

作者从GEO数据库中收集了GSE110147、GSE213001、GSE136831和GSE150910等数据集,为肺纤维化的研究提供了基因表达数据。

要知道,GEO数据中的数据多是收录全球研究者的高通量基因组数据,包括微阵列芯片和二代测序数据,数据公开且免费。

在使用前,必须要对其进行数据清洗从学习到实操,整个过程复杂且极易出错!

数据清洗一般包括样本筛选(剔除低质量或不符合条件的样本)、ID转换(将探针ID转为基因符号)、表达矩阵标准化(如limma的normalizeBetweenArrays函数),以及注释纠错(手动核对样本信息)。

为了帮大家节省下数据清洗的时间成本,仙桃学术云端数据库由原来的TCGA数据库的33种疾病扩张到GEO数据集,清洗数据量增加一倍,非肿瘤也可一键出图!

骨关节炎,骨质疏松,急性肺损伤,急性心肌梗死,肺纤维化,冠心病,类风湿性关节炎,帕金森,脑卒中,糖尿病,心肌纤维化,炎症性肠病,银屑病,抑郁症,子宫内膜异位症……

我们以“GEO”为检索词,在仙桃学术平台进行简单搜索,结果如下↓

数据集名称、样本数、物种、类型、平台号,都一一展示清楚了。

以上相关疾病领域的同学速来用仙桃学术一键获取预清洗后的数据,快速发表你的3+分SCI文章!


0基础做数据分析?

仅需点点点,轻松搞定差异分析、功能聚类分析……

在本篇文章中,作者整合了多种分析方法和策略,用以验证和提升研究的可信度。

有:差异表达基因(DEGs)分析、功能富集分析、构建肺纤维化诊断模型、诊断模型的验证、免疫细胞浸润分析、亚型识别和免疫浸润差异分析、关键基因的功能验证(Western blot和动物模型实验)……

但对于小白来说,光是理解数据分析方法就已经很难了,如何能快速上手进行数据分析呢?

推荐使用【仙桃学术】平台

遵循了四字口诀——差异分析(挑)、功能富集(圈)、分子互作网络(联)和临床相关性分析(靠)仙桃学术会为大家提供这些分析方法的模块化操作。目前,仙桃学术已经具备了351个分析模块。

比如:

  • 差异分析如limma包,

  • 功能富集如GO/KEGG,

  • 分子互作如STRING蛋白互作分析,

  • 临床分析如诊断ROC生存曲线。

    仅需根据提示点点点,就能实现数据分析~

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    0基础复现可视化图表?

    仅需点点点,轻松生成热图、生存曲线、ROC曲线……

    想要发表高分SCI,可视化图表必然是少不了的。

    比如:火山图展示差异基因分布,热图显示基因表达模式,生存曲线展示预后效果,这些图表都有助于直观传达复杂的数据信息。

    而在本篇文章中共出现了8张可视化图表↓清晰呈现出了研究的数据结果,以便于审稿人更好的阅读。

    那么,如何能高质量的复现这些可视化图表呢?

    那就赶快试试【仙桃学术】吧~热图、柱状图、气泡图、豆荚图、箱线图、网络图、棒棒糖图……速速来体验下~



    零基础?基础薄弱?不敢上手做?

    速速上车【AI&仙桃 0代码搞定3分生信SCI】伴学营

    这里有猕猴桃老师沉淀的普通人也学得会的【0基础搞定3分+SCI】套路!

    有干货,有实操,老师讲从0到1手把手教你文章复现密钥!学会用这几个工具,零基础3个月也能轻松发3分+SCI~

    现在,还有2大限时福利送大家!

    福利1.
    免费用!王炸工具-DeepSeek满血科研版

    最近DeepSeek大火,不少医学党真的把它玩出了花。

    DeepSeek+Zotero

    文献阅读王炸组合:成功配置后,它们能够让文献阅读变得方便高效,例如总结文献主要内容、润色语言、文章翻译等。

    DeepSeek + Mermaid

    科研绘图王炸组合:配合使用,我们可以快速生成结构化流程图,并借助工具如draw.io等绘图工具将其渲染为高质量的可视化图表。

    DeepSeek+医学知识库

    专为医学党打造的科研王炸工具:要知道,用DeepSeek最大的担心就是“AI幻觉”,有时会胡编内容,推荐一些不存在的文献,给很多科研人员带来困扰。

    为此,我们就想如果能够在DeepSeek的基础上接入了专业严谨的医学知识库,那么这个问题不就可以了迎刃而解了么?

    接下来,小编就来为大家介绍一个「DeepSeek+医学知识库」的王炸工具——「DeepSeek满血科研版」

    • 它可以提供更加深入、更加精准的回答。

    • 它能解决DeepSeek容易产生“AI幻觉”的问题。

    • 它默认是“深度思考”模式,直接输入问题,点击发送即可。

    • 而且,它真的一点都不卡!

    现在扫码即可报名课程,看课免费体验工具~



    福利2
    免费领!猕猴桃老师整理的科研干货!

    不少同学表示:

    猕猴桃老师的课,百看不厌!”

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    这当然不仅仅是因为猕猴桃老师的课够硬够干,更重要的是,他是真的送干货!而且每节课送的科研干货还都不一样哦~往期有:近几年的国自然立项清单、高分文献PDF、清北DeepSeek入门教程PPT……

    但这次会送什么?小编只想说:

    斯米马赛,I don't know。

    往期赠送干货:

    近几年的国自然立项清单↓

    文献和清北DeepSeek入门教程↓



    写在最后:

    人在科室也能速速发文,靠的就是抓住一个又一个逆袭秘诀!

    随着越来越多的科研工具的出现,写代码的门槛下调,科研产出的效率提升,普通医生也要高效产出sci已经不再是难题。

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    END




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