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不加实验就发Phytomedicine,“药食同源”果然威武!网药+机器学习+靶点分析,宁医大这思路发文实力强悍,适合复现!

生信塔 • 4 月前 • 199 次点击  

都说网药卷竞争大,那你真的卷对方向了吗?

生信塔在这种总结3种目前常见的网药发文思路,大家可以对照一下,自己有没有卷对方向···

n从研究目标上创新:包括药物和疾病,比如找药食同源植物,茶、水果等功能性食物,民族药物,西药等;疾病上可以选小众疾病,共病等。这是性价比最高的方向,也是发文最省力的捷径,强推!

n从思路上创新:其实就是在中医药、网药研究框架上添加热门分析,比如机器学习、单细胞分析、孟德尔随机化、多组学公共数据分析等,这类思路目前占比最高,会增加一些分析的工作量,但整体上还是比较好实现的。

n从实验上开卷:在分析之后,添加体内外验证实验、或者组学测序,干湿结合确实更容易接受,但实验耗时会比较高,工作量大,性价比一般。

这次生信塔带来一个不同寻常的中医药1区顶刊文章,来自宁夏医科大学团队,网药+机器学习+靶点生信分析思路,不加实验就发到了1区顶刊Phytomedicine上,要知道该杂志对文章质量要求非常严格,并且一般都需要干湿结合,可见这个思路的发文实力非常强悍,速学! 

1. 研究目标选择:该文章瞄准药食同源植物——生姜进行分析,疾病定位于胃癌,药食同源选择比较新颖,胃癌疾病选择也避开了研究量大的非肿瘤赛道,创新性较高

2. 思路设计文章设计为网药+WGCNA+机器学习+靶点多组学分析+成分鉴定的高级联合思路,网药联合机器学习、靶点分析是该文章能冲顶刊的重要因素,并且后面的靶点分析做的非常全面,所以能代替验证实验,全文除了LC-MS成分鉴定,其余全是生信分析,并且靶点分析很多都是依靠在线分析平台完成,操作比较简单,性价比极高,能发到1区顶刊上,选题+思路的创新性没的说! 

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题目:基于WGCNA和机器算法预测生姜靶向PRMT1/BTG2轴抑制胃癌的分子机制

杂志:Phytomedicine(IF=6.7)

发表日期:2025年5月

研究思路解构

1.背景:生姜不仅具有分散风寒、暖胃和止吐的作用,还表现出优异的抗肿瘤活性,但其在GC中的作用机制和靶点暂不清楚;

2. 数据:TCMSP、Genecards等公共数据库、GEO中的GC转录组数据,UAlCAN等在线分析平台

3.思路方法:

1)基于公共数据库、GEO数据集和WGCNA分析的网络药理学分析筛选生姜治疗GC的潜在靶标;

2)PPI网络筛选hub基因,集合3种机器学习算法进一步筛选核心基因;

3)对核心基因进行临床相关性分析、基因突变关系、表观遗传调控分析、免疫浸润分析和分子对接验证;

4)通过公共数据库筛选核心基因PRMT1的上游转录因子和下游信号蛋白;

5)利用LC-MS进行生姜的化学成分鉴定。

主要结果展示

1. 网络药理学确定了35个生姜治疗GC的潜在靶点

2. 结合PPI分析和机器算法筛选出核心基因PRMT1

3. 核心基因的基因突变分析、表观遗传调控分析和免疫浸润分析

4. PRMT1与生姜有效成分的分子对接分析

5. PRMT1的上游转录因子鉴定为EGR1,下游蛋白鉴定为BTG2

6. 生姜成分鉴定

生信塔点评

这篇文章首先药物和疾病的选择都比较新颖,药食同源+肿瘤赛道,双重创新保障,直接奠定了发顶刊的基础,这也正是该文章能不加实验发Phytomedicine的关键因素,所以说,高创新性选题完全能抵扣掉大部分实验,事半功倍发高分!生信塔建议要走网药这条路的朋友,都优先从研究目标选择上求创新,这才是性价比最高的卷~

其次,网药+机器学习+靶点多组学分析的联合思路进一步提分,内容相当丰富,但分析难度并不大,尤其是靶点分析依靠在线平台就能完成,实操可行性很高!文章整体质量较高,多热点联合思路创新性毋庸置疑,中医药领域想想冲高分的朋友,非常建议上车!中医药创新思路花样翻新,建议紧跟生信塔脚步,获得第一手思路!想复现这个联合思路或者做个性化生信分析和思路设计?欢迎随时联系生信塔!专业团队为你保驾护航,1V1定制创新思路!

生信塔有话说


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