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AME作者面对面+DeepSeek思考|兰州大学第一医院陈永林团队:基于深度学习的细粒度结直肠癌分子分型

AME科研时间 • 4 周前 • 82 次点击  

编者按:“AME 作者面对面” 是微信公众号 “AME科研时间” 的特色专栏。编辑部精心挑选了发表在 AME 旗下杂志的优秀论著,诚邀作者总结亮点,分享研究成果,旨在进一步推动医学同行之间的交流和进步。


分享团队:

兰州大学第一医院陈永林团队


所刊杂志:

Translational Cancer Research点击查看杂志详情与影响因子


文章标题:

基于深度学习的细粒度结直肠癌分子分型(Deep learning for fine-grained molecular-based colorectal cancer classification)


内容亮点

本研究中,我们提出了一个细粒度分类模型,它由卷积神经网络(CNN)作为特征提取器,视觉转换器(ViT)作为特征聚合器,和多层感知器(MLP)作为分类头组成。与以往的二分类模型不同,本研究的深度学习模型可以通过苏木精和伊红(H&E)染色组织切片信息将结直肠癌的多种分子分型同时进行分类,不仅提高了诊断效率,更为以后的研究提供了基准和方向。

结果表明,本研究所提出的模型在内部数据集(将来自兰州大学第一医院中的数据制作为LZUFH_CRC数据集)和外部数据集(将来自美国公共数据库TCGA数据库中的数据制作为TCGA_CRC数据集)中均表现良好。其中,模型在内部数据集取得了0.791的AUC,在外部数据集取得了0.731的AUC。

本研究还发现模型在学习的过程中,会更加关注非肿瘤以及肿瘤与非肿瘤的交界区域,这提示肿瘤相关分子分型研究中应更多地关注上述相关区域。

最后,本研究还收集并制备了兰州大学第一医院数据集(LZUFH_CRC数据集),该数据集来自中国西北地区,筛选并整理了383例患者的H&E切片以及临床信息,弥补了公共数据库中亚洲人群相关数据不足的缺点。

本研究提出了一种基于H&E染色组织切片图像和深度学习技术的结直肠癌(CRC)细粒度分类方法并制备了相关数据集,为人工智能辅助诊断结直肠癌分子分型以及结直肠癌的精准医疗研究提供了很有价值的理论基础和指导方向。(论著中文信息由第一作者整理提供,欲览英文原文请扫描下方二维码)

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 DeepSeek回答精选(仅供参考)






第一作者:卞均雨


卞均雨,住院医师,医学硕士。研究领域主要涉及深度学习技术在病理诊疗中的应用,参与科研课题1项,以第一作者发表SCI论文2篇,以第一发明人发表新型实用专利1项。熟练掌握细胞实验基本操作以及生物信息学等相关技术。


通讯作者:陈永林


陈永林,主任医师,教授,医学博士。现任兰州大学第一医院病理科主任,兰州大学硕士研究生导师。1999年在兰州医学院获得医学学士学位,2005年在兰州大学获得医学硕士学位,2012年在四川大学获得医学博士学位。主要从事临床病理与分子病理的诊断和基础研究。中华医学会病理学分会乳腺组委员,全国卫生产业企业管理协会实验医学专家委员会病理专业委员会委员,甘肃省医师协会病理科医师分会第一届委员会委员,主持多项基金课题,以第一作者、通讯作者发表多篇学术论文。



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