社区所有版块导航
Python
python开源   Django   Python   DjangoApp   pycharm  
DATA
docker   Elasticsearch  
aigc
aigc   chatgpt  
WEB开发
linux   MongoDB   Redis   DATABASE   NGINX   其他Web框架   web工具   zookeeper   tornado   NoSql   Bootstrap   js   peewee   Git   bottle   IE   MQ   Jquery  
机器学习
机器学习算法  
Python88.com
反馈   公告   社区推广  
产品
短视频  
印度
印度  
Py学习  »  chatgpt

没有生物学背景,靠ChatGPT和AlphaFold,他为爱犬定制了全球首支个性化癌症疫苗

AI寒武纪 • 6 月前 • 403 次点击  


↑阅读之前记得关注+星标⭐️,😄,每天才能第一时间接收到更新


 

一个没有生物学背景的程序员,靠着AI为得了癌症宣判“死刑”爱犬制造一款mRNA疫苗,肿瘤竟然奇迹般的缩小了一半,这直接推开了个性化癌症疫苗的一扇门,这是我今天读到一个暖心的故事,同时也让我非常震撼。

起点:一个绝症诊断

2019年,澳大利亚悉尼科技创业者Paul Conyngham从动物收容所领养了一只8岁的混血斯塔福德梗,取名Rosie。

2024年,Rosie被确诊患上致命的肥大细胞癌。化疗和手术花掉了数万美元,肿瘤被拖慢了,但没有被消灭。兽医给出的判断是:只剩几个月。

Conyngham不接受这个答案。

第一步:问ChatGPT

Conyngham有17年机器学习和数据分析经验,是Core Intelligence Technologies联合创始人,也是澳大利亚数据科学与AI协会前董事。他的第一反应不是找医生,而是打开ChatGPT问:有没有可能治好它?

ChatGPT给出的方向是免疫疗法,并指向了新南威尔士大学Ramaciotti基因组学中心。

中心主任、计算生物学副教授Martin Smith收到了这个来自私人的奇特委托:帮一条狗做DNA测序。

Smith起初并不乐观。基因组学中心通常不接受直接面向消费者的测序服务——不是测序难,而是解读数据极其复杂。Conyngham的回答是:没关系,我是数据分析师,我用ChatGPT自己来搞。

Smith同意了。

破解基因组数据

Conyngham花了3000澳元完成了Rosie的DNA测序。拿到数据后,他的方法是:把Rosie健康血液的DNA和肿瘤组织的DNA同时测序,找出突变位点——就像拿出一台跑了30万公里的发动机,对比出厂时的原版,逐个找损伤。

接下来,他用多个数据流水线筛选突变位点,再用算法匹配潜在的治疗靶点和对应药物。

他还用了谷歌DeepMind蛋白质结构预测AlphaFold来分析突变蛋白的三维形态,进而锁定可以攻击的靶标。

Smith后来回忆说:Paul找到我,告诉我他分析完了数据、找到了感兴趣的突变、用AlphaFold确认了突变蛋白、识别了潜在靶标,然后问我能不能帮他找人合成他识别出的化合物。我的第一反应是——这也太疯了。

转向mRNA疫苗

第一个方案没能走通。团队找到了一家制药公司生产的免疫疗法药物,但申请慈善使用时被拒绝了。

就在这时,Smith向Conyngham介绍了另一条路:mRNA疫苗。

这项技术在疫情中被全球熟知。mRNA是信使核糖核酸,它的作用是指导细胞产生特定蛋白质——在癌症治疗中,可以用来告诉免疫系统:这个肿瘤是敌人,去打它。

Conyngham把他的分析结果压缩成半页纸的配方,交给了新南威尔士大学RNA研究所所长Pall Thordarson教授。

Thordarson是冰岛人,纳米医学领域的先驱。他用这半页配方,为Rosie定制了一支mRNA纳米颗粒疫苗。

这是全球第一支专门为一只狗设计的个性化癌症疫苗。

最难的不是造疫苗,是跑流程

疫苗做好了,还不能用。

澳大利亚的法规要求任何药物试验必须通过伦理审批。Conyngham每晚花两小时,连续三个月,写出了一份100页的伦理申请文件。

然后,又是一次意外转机。

美国犬癌联盟创始人Mari Maeda在新南威尔士大学官网上看到了Conyngham的故事,联系了昆士兰大学兽医学院的Rachel Allavena教授。Allavena正在主持多项狗狗癌症免疫疗法研究,手上已有现成的伦理批件,可以覆盖这类疫苗试验。

效果

去年12月,Conyngham开车带着Rosie跑了10小时,来到昆士兰大学Gatton实验室打了第一针,随后又补了一针加强针。

结果令所有人意外。

Rosie脚踝处网球大小的肿瘤缩小了一半。Allavena说:第一次发生的时候,就是魔法一样。她的状态好多了,精神也好多了,毛色也更亮了,看起来整个狗都更快乐健康了。

不过,也有没能响应的肿瘤。Thordarson在事后发文补充说:疫苗可能没有治愈Rosie,但确实争取到了时间。部分肿瘤没有响应,他们正在检查是否发生了新的突变。

这个试验目前依然是研究项目,研究团队计划发表论文,供更多人参考。

真正重要的事

新南威尔士大学分子肿瘤学中心主任David Thomas将这件事定性为公民科学的一次示范:一个街上的普通人,凭借计算机科学背景,真的参与进了科学进程。

Thordarson在社交媒体上的评论更直接。他说,Rosie的故事证明了癌症疫苗的设计流程是可以民主化的。基因组分析和RNA生产会继续是专业领域,但随着自动化程度提升,它们可能变成纯粹的服务提供。

他还打了一个比方:澳大利亚的能源生产,用了10到20年,从少数几家大发电商变成了数百万家庭自备光伏和储能。监管机构和运营商适应得很艰难,但整个行业还是适应了。制药领域的个性化医疗,也会走到这一步。只是,现在就应该开始讨论如何管理它。

Conyngham目前正在为Rosie设计第二支疫苗,针对那个没有响应的大肿瘤。新南威尔士大学本周已经启动了第二轮基因测序。

他说:也许对某些癌症,我们能把它从死刑变成一种可以管理的慢性病——因为你可以在突变发生之前就提前准备好对应的治疗方案。

参考:

https://www.theaustralian.com.au/business/technology/tech-boss-uses-ai-and-chatgpt-to-create-cancer-vaccine-for-his-dying-dog/news-story/292a21bcbe93efa17810bfcfcdfadbf7

https://x.com/PalliThordarson/status/2033013002061136212

 


--end--


最后记得⭐️我,每天都在更新:如果觉得文章还不错的话可以点赞转发推荐评论

/...@作者:你说的完全正确(YAR师)

Python社区是高质量的Python/Django开发社区
本文地址:http://www.python88.com/topic/193990