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Py学习  »  chatgpt

使用ChatGPT-6-Astra做生信绘图:是大炮打蚊子吗?

生信技能树 • 2 周前 • 82 次点击  

前几天chatgpt更新到了 ChatGPT-6-Astra,听说这个模型超厉害,每次出来了新的,肯定需要迫不及待的的去测试一番啊。

我就随手拿了下面这个文献里面的图做一个AI图文复现。

2026 年 7 月 17 日发表在Science Advances杂志,文献标题《Single-cell and spatial omics reveals region-specific plasticity and therapeutic vulnerabilities in metastatic high-risk neuroblastoma》。

图来自其中的Fig1D,展示细胞簇标记基因 Dot plot(细胞类型注释验证图)。

解读Fig1D

使用单细胞的数据绘制细胞簇标记基因 Dot plot(细胞类型注释验证图),每个细胞亚群的标志基因如下:

细胞类型
标志基因
生物学含义
交感肾上腺谱系细胞(sympatho-adrenal,即 NB 肿瘤细胞本体)
PHOX2A, PHOX2B, GATA3
交感神经系统发育的核心转录因子,确认肿瘤的神经嵴/交感肾上腺起源
Schwann 细胞
PLP1, S100B, MPZ
髓鞘胶质细胞标志——NB 基质中经典的 Schwannian 基质成分
基质成纤维细胞
FN1, COL6A2, COL4A1
ECM/胶原分泌基因,肿瘤成纤维细胞
内皮细胞
FLT1(VEGFR1), VWF, PECAM1(CD31)
血管内皮,肿瘤血管生成
髓系细胞
PTPRC(CD45), CD68, CD163
CD45 是泛白细胞标志(髓系和 T 细胞群都会亮),CD68/CD163 是巨噬细胞标志
T 细胞
CD3D, CD3E, CD8A
T 细胞受体复合物 + CD8 细胞毒性 T 亚群

Codex绘制

我这里使用的codex,开plan模式,数据原文的处理起来太复杂了,就用了比较经典的pbmc3k,提示词如下:

使用这个数据:/Users/scorpio/002-biotrainee/04-绘图小技巧/101-Cell火山图与富集图结合/pbmc3k_final.rds,注释后的细胞亚群,绘制文献Fig1d同款。

很快写好了plan:

4分钟就画好了!结果如下:

完美呀!



看看一个复杂的

上面在我发完小红书后,有一个友友说我用chatgpt的这个模型去做AI生信绘图简直是用大炮去打蚊子啊!!!

额,应该是有点哈?(但是我心里不服气!)

也可能是上面的图太简单了!

下面来个难的,这个图在是之前一个学员发给我的,那个时候我也去绘制了一波,用的模型我现在还记得是chatgpt5.5。

画出来就是一个买家秀一个卖家秀!

Fig. 2B 是“三维核密度景观图”,英文图注为:Three-dimensional kernel-density landscapes projected onto the joint UMAP。也就是说,它不是重新做一个三维降维,而是在 Fig. 2A 的同一个二维 UMAP 坐标系上,对不同分组的细胞分布做二维 kernel density estimation,随后把密度值作为 z 轴高度画成 3D surface。

chatgpt5.5出的:

当时群里对这个图讨论很火热来着,然后有个公众号出了一个教程,毫不例外就是上面这个卖家秀结果(但是人家还发出来了,)。

我用 ChatGPT-6-Astra 做了一下,结果如下:

是不是很厉害!

好了,大家轻喷,我现在没有开发类的工作,其实很难将他应用到项目级别的任务中去(后面应该会搞一个,不然太难受了,只能玩点大模型的周边工作,根本不能体会不同大模型厉害在哪里)。

但至少这个时候,复杂的图,不同模型之间的能力差距还是很大的。

试试看这个图你能画出来吗?

AI生信绘图交流群:Biotree123。

如果对你有帮助,欢迎一键三连~

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