AlexanderPico

看来你已经做了很多了。我只能对你的方法提出一些选择/扩展。。。

1. 不幸的是,我找不到一个可以读取此格式的Cytoscape应用程序我试着寻找菲利普,纽尼克和菲洛。你可能会有更多的运气:

   • http://apps.cytoscape.org/

2. 有一个旧的cytoscape 2.x插件可以读取此格式,但是要运行此插件,您需要安装cytoscape2.8.3,导入网络,然后导出为xgmml(或另存为cys),然后尝试在cytoscape 3.7中打开,以便迁移回活代码之乡。同样,如果2.8.3满足了这个特殊情况的需要,那么可能不需要迁移:

   • http://apps.cytoscape.org/apps/phylotree

3. 最好的方法是编程式的,您已经探索过了找到将NEWICK转换为iGraph或GraphML的R或Python包是一个可靠的策略请注意,这些语言中也有更新的和平滑的cytoscape libs,因此您可以在脚本环境中执行所有标签清理、布局、数据可视化、分析、导出等操作:

   • https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html
   • https://py2cytoscape.readthedocs.io/en/latest/