【Python】Kaggle知识点：内存优化方法

在Kaggle和日常的代码运行中，我们的内存总是受限的。那么我们在有限的内存中让代码跑起来呢？本文给出了一些解决方法。

内存使用统计

在进行内存优化之前，可以使用如下函数对进行使用的内存进行统计。

import psutil
impot os
def cpu_stats():
    pid = os.getpid()
    py = psutil.Process(pid)
    memory_use = py.memory_info()[0] / 2. ** 30
    return 'memory GB:' + str(np.round(memory_use, 2))

对于pandas读取的数据，可以使用如下函数查看内存使用：

# 整体内存使用
df.info(memory_usage="deep")

# 每列内存使用
df.memory_usage()

对于应用程序，可以使用filprofiler函数查看内存峰值。

https://github.com/pythonspeed/filprofiler

Numpy内存优化

转换数据类型

在Numpy支持多种数据类型，不同类型数据的内存占用相差很大。uint64类型比uint16内存占比大四倍。

>>> from numpy import ones
>>> int64arr = ones((1024, 1024), dtype=np.uint64)
>>> int64arr.nbytes
8388608

>>> int16arr = ones((1024, 1024), dtype=np.uint16)
>>> int16arr.nbytes
2097152

对于数据类型，可以根据矩阵的元素范围进行设置。比如对于整数可以参考以下常见类型的范围，并选取最为合适的。

对于浮点数，可以考虑使用float16、float32和float32来进行存储。Numpy具体支持的数据类型可以参考👇文档。

https://numpy.org/devdocs/user/basics.types.html

使用稀疏矩阵

如果矩阵中数据是稀疏的情况，可以考虑稀疏矩阵。LGB和XGB支持稀疏矩阵参与训练。

>>> import sparse; import numpy as np
>>> arr = np.random.random((1024, 1024))
>>> arr[arr >>> sparse_arr = sparse.COO(arr)

>>> arr.nbytes
8388608

>>> sparse_arr.nbytes
2514648

Pandas内存优化

• 分批读取

如果数据文件非常大，可以在读取时分批次读取，通过设置chunksize来控制批大小。

df = pd.read_csv(path, chunksize=1000000)

for chunk in df:  
    # 分批次处理数据
    pass

• 选择读取部分列

df = pd.read_csv(path, usecols=["a"])

• 提前设置列类型

df = pd.read_csv(path, dtype={"a":"int8"})

• 将类别列设为category类型

df['a'] = df['a'].astype('category')

此操作对于类别列压缩非常有效，压缩比很大。同时在设置为category类型后，LightGBM可以视为类别类型训练。

• 自动识别类型并进行转换

def reduce_mem_usage(props):
    start_mem_usg = props.memory_usage().sum() / 1024**2 
    print("Memory usage of properties dataframe is :",start_mem_usg," MB")
    NAlist = [] # Keeps track of columns that have missing values filled in. 
    for col in props.columns:
        if props[col].dtype != object:  # Exclude strings
            
            # Print current column type
            print("******************************")
            print("Column: ",col)
            print("dtype before: ",props[col].dtype)
            
            # make variables for Int, max and min
            IsInt = False
            mx = props[col].max()
            mn = props[col].min()
            
            # Integer does not support NA, therefore, NA needs to be filled
            if not np.isfinite(props[col]).all(): 
                NAlist.append(col)
                props[col].fillna(mn-1,inplace=True)  
                   
            # test if column can be converted to an integer
            asint = props[col].fillna(0).astype(np.int64)
            result = (props[col] - asint)



    
            result = result.sum()
            if result > -0.01 and result                 IsInt = True

            
            # Make Integer/unsigned Integer datatypes
            if IsInt:
                if mn >= 0:
                    if mx                         props[col] = props[col].astype(np.uint8)
                    elif mx                         props[col] = props[col].astype(np.uint16)
                    elif mx                         props[col] = props[col].astype(np.uint32)
                    else:
                        props[col] = props[col].astype(np.uint64)
                else:
                    if mn > np.iinfo(np.int8).min and mx                         props[col] = props[col].astype(np.int8)
                    elif mn > np.iinfo(np.int16).min and mx                         props[col] = props[col].astype(np.int16)
                    elif mn > np.iinfo(np.int32).min and mx                         props[col] = props[col].astype(np.int32)
                    elif mn > np.iinfo(np.int64).min and mx                         props[col] = props[col].astype(np.int64)    
            
            # Make float datatypes 32 bit
            else:
                props[col] = props[col].astype(np.float32)
            
            # Print new column type
            print("dtype after: ",props[col].dtype)
            print("******************************")
    
    # Print final result
    print("___MEMORY USAGE AFTER COMPLETION:___")
    mem_usg = props.memory_usage().sum() / 1024**2 
    print("Memory usage is: ",mem_usg," MB")
    print("This is ",100*mem_usg/start_mem_usg,"% of the initial size")
    return props, NAlist

https://www.kaggle.com/arjanso/reducing-dataframe-memory-size-by-65

• 结合numpy.memmap使用

numpy.memmap可以将数据提前在磁盘上进行申请空间，并不需要读取进内存。而且支持多次写入。

所以将每列数据处理好，存储到磁盘，处理完成后再读取进入内存。

https://www.kaggle.com/c/talkingdata-adtracking-fraud-detection/discussion/56105

https://numpy.org/doc/stable/reference/generated/numpy.memmap.html

模型内存优化

• XBGboost

可以将数据集存储为libsvm格式，使用External Memory Version完成训练，或者从命令行训练。

https://xgboost.readthedocs.io/en/latest/tutorials/external_memory.html

• LightGBM

使用LightGBM的自带的Dataset读取文件进行训练，比使用Numpy和Pandas数据更好。当然把内存数据转换为Dataset也有一定的效果。

https://lightgbm.readthedocs.io/en/latest/Python-Intro.html

设置histogram_pool_size参数控制内存使用，也可以减少num_leaves和max_bin的取值。

https://lightgbm.readthedocs.io/en/latest/FAQ.html?highlight=Multiple#when-running-lightgbm-on-a-large-dataset-my-computer-runs-out-of-ram

• 深度学习模型

如果使用深度学习模型，可以考虑使用dataloder的方式分批次读取数据到内存。

总结

1. 查看数据列和行，读取需要的数据；
2. 查看数据类型，进行类型转换；
3. 分批次或利用磁盘，处理数据；