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讲座预告| 对全脑神经环路进行全自动分析的深度学习算法系统

brainnews • 1 年前 • 476 次点击  


2023年9月28日,英国剑桥的医学中心分子生物学实验室(MRC-LMB)任婧实验室联合西安交通大学、北京生命科学研究所,在Nature Methods以长文形式发表文章D-LMBmap: a fully automated deep-learning pipeline for whole-brain profiling of neural circuitry借助深度学习与图像处理技术,开发了介观尺度下小鼠全脑神经环路的量化解析方法,使得神经环路与连接组的研究从几百到几万神经元的线虫、果蝇更易于进一步扩展至上亿神经元的小鼠中。



2023年11月6日(周一)晚19:00布林凯斯上海欣软沃亿生物荣誉赞助的Brainnews青年学者讲坛有幸邀请到本研究的通讯作者任婧研究员与我们面对面作报告。


更多论文详细内容:

Nat Methods重要进展:任婧实验室报道全脑神经环路量化解析的新方法,已开放共享





讲座介绍



简介

最近,组织透明化方法和光片荧光显微镜的普及和整合为以极高通量实现中尺度三维全脑连接图谱绘制创造了新的机会。随着大量高质量成像数据集的快速生成,下游分析正成为中尺度神经连接组学的主要技术瓶颈。目前的计算解决方案是劳动密集型的,由于需要进行详尽的人工标注和大量的定制训练,其应用范围受到极大限制。同时,全脑数据分析总是需要结合多个软件包并由用户进行二次开发。


为了应对这些挑战,英国医学研究中心分子生物学实验室(MRC LMB)的任婧实验室开发了D-LMBmap,这是一个端到端的软件包,提供了一个集成的工作流程,包含三个基于新型深度学习算法的全脑连接图谱模块:轴突分割、脑区分割和全脑配准D-LMBmap是第一个不需要手工注释进行轴突分割的方法,它能在整合的工作流中实现全脑神经投射组的定量分析,在所有测试模式中对多种细胞类型的分析都具有极高的准确性。


任婧自2020年1月起,任婧博士成为英国剑桥MRC分子生物学实验室(LMB)的课题组组长(Group Leader)。任婧博士曾在北京生物科学研究所(NIBS)攻读博士学位,师从罗敏敏博士。其后在斯坦福大学骆利群博士的实验室从事博士后研究。她的研究为整合5-羟色胺神经系统的解剖、神经化学、生理和行为功能奠定了基础;相关成果在Cell, Neuron, eLife, Nature Methods 等国际知名期刊发表。

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