lammps数据后处理：Python Ovito 统计键长分布（2）

大家好，我是小马老师。

在之前的专栏中，介绍了使用python ovito计算键长分布的方法。

这个方法要求初始的data文件必须有bond拓扑关系才可以计算。

最近很多咨询初始data文件没有bond的应该怎么计算。

如果初始data文件没有bond，只有原子坐标，需要使用ovito的CreateBondsModifier命令添加bond，然后才能分析。

这个命令的原理是根据中心原子和周围原子的间距自动判断是否添加键，是否合理请根据课题内容自己判断。

具体的代码为：

from ovito.io import import_file, export_filefrom ovito.modifiers import BondAnalysisModifier, CreateBondsModifier
# 读入dump文件pipeline = import_file('simulation.dump')#添加键pipeline.modifiers.append(CreateBondsModifier(cutoff = 3.2))#键长分析pipeline.modifiers.append(BondAnalysisModifier(bins = 100))# 输出结果到文本文件export_file(pipeline, 'bond_angles.txt', 'txt/table', key='bond-angle-distr')# 打印输出键长分布data = pipeline.compute()print(data.tables['bond-length-distr'].xy())

----------- End -----------

如果你觉得需要更加深入地学习和了解LAMMPS，也可以参加一对一的咨询指导课程。

在这些课程中，你可以直接与我交流和讨论，解决LAMMPS模拟中遇到的问题，并深入学习LAMMPS的使用技巧和调试方法。

报名一对一培训课程可领完整版《lammps中文教程》，配套学习更轻松！

自编lammps教程第二版发布，新增4万字，上册免费领

扫码领取粉丝专属优惠券↓↓↓

免费试听：Cu融化模拟代码编写及启动运算方法

lammps科研合作、培训、咨询请加：

微信：lammps365

QQ群：236862503