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有机化学+机器学习,Science子刊!

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研究背景
统计建模在有机化学中的应用正成为探索结构-活性关系和作为多种优化目标预测工具的标准实践。
有鉴于此,犹他州立大学Brittany C. Haas, Dipannita Kalyani, 以及Matthew S. Sigman等人合作在Science Advances期刊上发表了题为“Applying statistical modeling strategies to sparse datasets in synthetic chemistry”的最新论文。本文旨在为进入化学统计建模领域的人员提供教程。作者通过案例研究,突出展示了在低数据样本情况下,如何成功分析数据集的考虑因素和方法,这在有机化学实验的实际需求中是常见的情形。
统计建模依赖于数据(建模的对象)、描述符(数据的表示方式)和算法(数据的建模方式)。在本文中,作者重点讨论了各种反应输出(例如产率、速率、选择性、溶解度、稳定性和周转数)以及数据结构(例如分箱数据、严重偏斜数据和分布数据)如何影响选择用于构建预测性和具有化学洞察力的统计模型的算法。
研究亮点
1. 首次探讨统计建模在有机化学中的应用,提出其作为探索结构-活性关系和优化目标预测工具的标准实践。
2. 介绍了统计建模的三个关键支柱:数据、描述符和算法,强调了如何根据不同的反应输出(如产率、速率、选择性等)和数据结构(如分箱数据、偏斜数据)选择合适的建模算法。
3. 案例研究展示如何在低数据样本情况下进行有效分析,特别是在有机化学实验中常见的稀疏数据问题。通过这些实例,讨论了如何从稀疏数据中提取有价值的信息。
4. 探讨了机器学习在化学中的适用性,指出分类算法更适用于发现化学,而回归算法更适合过程化学中的精确预测。
5. 统计建模在学术和工业中的双重优势,通过多项成功的工业与学术合作,证明了其对工业化学家的应用价值。
6. 强调了模型的平衡性,即在推动传统统计建模方法的边界时,仍需扎根于物理有机化学的基础,最终实现稀疏数据集的最佳统计建模。
图文解读
图1. 化学中的统计建模
图2. 分类算法
图3. 分类算法(续)
图4. 回归算法
结论展望
总之,正如本文所详细描述的,建模稀疏数据集需要考虑许多因素,统计建模的过程以及选择最佳模型都不是简单的。通常,作者的决策是在化学家的化学直觉下进行的,“实践中的化学家”参与其中;根据项目目标,作者可能会选择牺牲模型的统计性能或预测能力,以便提高可解释性。尽管化学反应性的统计建模主要由学术实验室使用,但它对工业化学家也具有优势,正如许多成功的工业与学术合作所展示的那样。
从经验来看,作者观察到,分类算法的通用性更适用于发现化学,而回归算法则更为精确,常被过程化学家使用。最终,针对稀疏数据集实现最佳统计模型,需要在推动传统统计建模(即机器学习)方法的边界的同时,保持对有机化学的物理基础的扎实理解。
文献信息
Brittany C. Haas et al. ,Applying statistical modeling strategies to sparse datasets in synthetic chemistry.Sci. Adv.11,eadt3013(2025).DOI:10.1126/sciadv.adt3013
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