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0实验轻松发8分SCI!病理组学+深度学习+免疫评分,思路值得借鉴!(附免费工具)

解螺旋 • 2 月前 • 122 次点击  


2025已过半,你的SCI有头绪了吗?时间紧、任务重?生信研究可能是你申请优毕、成功晋级的关键。


当前生信研究依托海量公共数据与前沿技术(单细胞、空间、多组学),遵循“计算筛选->验证->实验/建模”的成熟路径快速发展。这对从业者,尤其是希望利用生信的临床医生,提出了掌握核心工具(如R)和数据分析能力的迫切需求。


同时,在线分析平台(如GEO2R, CIBERSORT, Xena, Galaxy等)封装了复杂流程,让无编程基础者也能进行主流分析


仙桃学术,复旦大学医学博士雪球老师强烈推荐的一款对用户友好的在线分析平台,可以将一些R语言中常见的分析和可视化过程进行封装和简化,并以页面在线的形式进行分析和可视化,一站式快速解决常见统计分析和可视化内容,并且提供在线拼图工具,直接输出发表级整图



它囊括了当下各种热门/常见的生信分析模块,如GOKEGG分析、泛癌分析、孟德尔分析、Meta分析等等。




目前它一共有6大类模块:①基础绘图;②表达差异;③功能聚类;④交互网络;⑤临床意义;⑥其他。


仙桃生信工具模块介绍 

1.基础绘图:对上传的数据进行一些常见分析和可视化

2.表达差异:表达差异相关的模块 

3.功能聚类:对于分子功能进行富集分析,获得可能涉及的功能和通路情况

4.交互网络:分子相关或者交互类模块

5.临床意义:临床意义相关的模块,包括诊断、预后等模块内容

6.其他:未分类或者不在上述分类中的模块,比如图片上传



我们先来看一下工具首页,它各个分析模块的示例图片放到了首页,大家可以通过点击相应的示例图片进入分析部分,这样就可以精准分析出图啦。



将鼠标停留在示例图片上面,还会显示该分析的应用和特点,也方便我们进行选择适合的分析模块。



📢接下来我们一起来操作一下吧~


例如,我们以表达差异-差异可视化中的【云-配对样本】为例进行实操👇



💡首先是输入疾病

鼠标点击“云端数据”,会弹出一个小窗口,在这里进行对疾病的选择


我们点击疾病的检索框,可以看到,仙桃学术以疾病的不同部位进行了分类整理,并且可以选择数据过滤和格式这样可以方便地得到更精确的检索结果,而且还可以增加分析的思路。








使用tips:
有的部位是有多种癌症的,如果自己分析的时候遇到在同一部位有多个癌种,那么是不是可以分别进行分析,然后比较一下某个分子在同一部位两种疾病的差异呢?万一要是结果很好呢。
话不多说,更多的可能性留给大家探索~

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假设我们选择的疾病是“胃腺癌”


点击“胃癌”-“胃腺癌”这里出现了3条结果,小编以第1条为例,点击“确认”。




首页就显示了我们新选择的疾病,注意,这里还显示了数据过滤情况和处理方法,方便我们检查是否用错了数据和方法



💡之后我们选择分子,


这里就很简单了,在搜索框中点击选择即可。



💡接下来是“参数”部分,

我们可以先使用默认的,也可以自由调整间距、风格、图注等等,还支持“保存参数”和“重置参数”


如果我们有自己习惯用的风格,不需要再一次次选择更改了,使用会更加方便。



💡点击确认后,我们就生成了一份配对分析结果”👇

主要包含结果、解释、方法学,同时支持下载不同格式的结果,方便后期处理。

“保存结果”即为保存到历史记录中,方便直接在工具中拼图,也可以选择直接“下载整份报告”


01

主要结果

02

补充结果(即结果解释)


03

方法学





【临床意义】、【功能聚类】、【交互网络】等其他模块的操作也是十分简单的,大家根据提示一一进行选择即可,小编就不一一重复操作了。


而且仙桃学术的出图也十分美观,可选项十分多,同时还进行了细心分类,有:类别比较、关系情况、局部整体、数据分布、其他。


要知道,好的论文插图配色,更易打动编辑和审稿人!不仅是因为图片漂亮给人以美感,还因为这会让他们觉得作者是在很用心、很注重细节地展示数据。


小编强烈推荐大家用起来!





各种仙桃美图一键生成!


类别比较:




关系情况:




局部整体:




数据分布:




其他:





写在最后:


如果有人告诉你,2025年还能0实验纯生信发到一区top,你会相信吗?

信与不信,都用文章说话吧——




IF=8.0纯生信!病理组学+深度学习+免疫评分,轻松拿下双一区Top!

发布期刊:npj Precision Oncology



当然,0基础无编程能力者想要发到一区Top确实十分困难(希望不大),但借助在线分析平台-仙桃学术,冲刺一下3-5分SCI文章还是十分有希望的~


现在,已经有不少用户通过仙桃学术平台成功发表了生信SCI文章~👇



你也赶紧来试试吧~

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end


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