生信研习，专注于生物信息学前沿动态的分享平台。我们致力于将复杂的生信知识简化，帮您解决生信发文难题，量身定制生信服务。关注我们，开启你的生信之旅！🌸🌸
今日文章亮点：
1. 多组学三维整合：scRNA-seq（细胞图谱）+ 空间转录组（空间定位）+ 临床队列RNA-seq（验证）
2. 前沿算法应用：DAseq（差异细胞）→ SCENIC（调控网络）→ CellChat v2（空间互作）→ BayesPrism（反卷积）
3. 统计严谨性：岭回归 + Bootstrap 解决小样本共线性，全代码开源
发文优势
1. 机制完整：首次提出“上皮焦亡 → TREM1⁺ Mφ → 致病性Th17”口腔炎症轴
2. 技术创新：早期应用空间转录组于口腔免疫，并构建口腔-肠道轴数据库ORGUAMIA
3. 临床转化明确：锁定TREM1⁺ Mφ为跨消化道炎症的潜在靶点
挑战与应对
模型局限（无OLP动物模型）→ 用多层共培养+人体组织验证补强
样本不均衡 → Bootstrap重采样+正则化回归增强稳健性
资源门槛高 → 开源数据库ORGUAMIA提供零代码分析平台
在当今的科研中，价值的创造不在于掌握了多少数据，而在于用多深的思想和多么严谨的方法，从数据中提炼出具有前瞻性和可验证性的科学洞见。 如何成功地将数据稀缺的挑战，转化为方法学创新和逻辑深度的展示，这正是能够脱颖而出的核心。
担心自己搞不到数据或发文没思路的老师，可以扫码添加禾苗，禾苗帮您一站式解决您的问题！！文章标题：Epithelial pyroptosis-induced TREM1+ macrophages activate Th17 cells to accelerate oral mucosal inflammation
中文标题：上皮性焦虑症+巨噬细胞激活Th17细胞加速口腔黏膜炎症
发表期刊：Cell Death & Disease
发表时间：2025年10月
影响因子：9.6
口腔黏膜慢性炎症（如口腔扁平苔藓）机制不明，已知T细胞参与，但先天免疫作用不清。肠道研究中发现上皮焦亡可激活巨噬细胞加剧炎症，而TREM1⁺巨噬细胞是炎症性肠病的关键致病亚群。本研究旨在探索在口腔炎症中，上皮焦亡是否通过激活TREM1⁺巨噬细胞并释放IL-1β，进而驱动致病性Th17细胞分化，最终加速黏膜炎症进程。
1. 测序技术
单细胞RNA测序：解析13例口腔黏膜样本的细胞图谱与互作网络。
空间转录组：定位6例组织中关键细胞的邻近关系。
批量RNA测序：分析116例临床队列的基因表达谱。
2. 实验验证
细胞模型：构建上皮焦亡（LPS+ATP）和TREM1⁺巨噬细胞（过表达）模型。
分子检测：Western Blot、ELISA、流式细胞术验证蛋白与细胞表型。
功能实验：细胞共培养+中和抗体阻断（抗HMGB1、抗IL-1β）。
组织病理：多重免疫荧光/mIHC验证空间共定位。
3. 数据分析：生物信息学：Seurat（聚类）、CellChat（通讯）、Monocle（轨迹）、GSVA/ssGSEA（通路）。统计建模：逻辑回归、岭回归、PCA、Bootstrap重采样。
4. 资源建设
公共数据整合：33个消化道疾病scRNA/空间数据集。数据库开发：构建ORGUAMIA在线交互分析平台。
5. 研究策略
①多组学整合：单细胞→空间→转录组→蛋白多层次验证。
②时空动态解析：从细胞特性到组织定位完整揭示“上皮焦亡→TREM1⁺Mφ→致病性Th17”级联反应。
③转化衔接：临床队列验证→机制阐明→靶点提示→工具共享。
1.scRNA-seq 捕获口腔黏膜炎症微环境变化
共测序128,694个细胞，鉴定出8种主要细胞类型。正常组织中成纤维细胞为主，炎症状态下NK/T细胞占比最高（>64%）且通讯增强。
髓系细胞在炎症发展过程中比例与通讯均显著上升。
上皮焦亡可能激活先天免疫：鉴定出高表达焦亡标志物（GSDMD、HMGB1等）的焦亡上皮细胞亚群。该亚群位于上皮分化轨迹末端，具有促炎特性，其比例随炎症加重而上升。焦亡通路与“巨噬细胞活化”等先天免疫通路显著正相关。
2.TREM1⁺巨噬细胞是核心枢纽细胞
髓系细胞中的主要差异细胞是TREM1⁺巨噬细胞（特征：高表达IL1B，多属M1型）。其转录因子网络（FOSL2/NFKB1/REL）可调控IL-1β表达。在炎症发展中，其比例上升，且与焦亡上皮细胞的通讯增强（潜在媒介：HMGB1）。
TREM1⁺巨噬细胞通过IL-1β诱导致病性Th17细胞分化：NK/T细胞中，致病性Th17细胞是主要差异细胞且比例增加。
细胞通讯与轨迹分析显示：TREM1⁺ Mφ →（通过IL-1β）→ 初始CD4⁺ T细胞 → 分化为致病性Th17细胞。
致病性Th17细胞高表达IL-17/IL-22/IL-23通路相关基因。
3.空间转录组验证细胞空间邻近与互作
空间定位证实：焦亡上皮区域、TREM1⁺ Mφ区域、致病性Th17区域在炎症组织中空间距离更近。
这些区域之间的空间通讯信号在炎症发展中增强。关键标志物表达量和区域占比均随炎症加重而上升。
4.临床队列验证关键细胞与基因的风险关联
大队列分析（116例）显示：焦亡上皮细胞、TREM1⁺ Mφ、致病性Th17相关标志物在REOLP中表达更高且彼此正相关。IL1B是炎症进展的独立风险因子。多基因共表达模式提示其协同驱动炎症。
5.细胞实验证实机制链条
成功构建焦亡上皮细胞模型（LPS+ATP诱导）与TREM1⁺巨噬细胞模型（过慢病毒）。
焦亡上皮通过HMGB1诱导TREM1⁺ Mφ分化；TREM1⁺ Mφ分泌IL-1β；IL-1β在IL-6/IL-23存在下特异驱动致病性Th17分化（分泌IL-17A/F/22）。
组织病理证实空间动态变化：
mIHC显示：炎症组织中，焦亡上皮细胞、TREM1⁺ Mφ、Th17细胞三者空间距离缩小，比例上升。LPS与部分焦亡上皮共定位，提示其可能参与焦亡启动。HMGB1在炎症上皮中表达增加。
6.公共数据库分析揭示跨器官普适性
整合12个消化道疾病scRNA-seq数据集。
发现TREM1⁺巨噬细胞在牙周炎、EoE、IBD、肛瘘型CD中比例均上升（除胃部疾病外），且多与焦亡上皮细胞通讯增强。据此构建了在线交互数据库 ORGUAMIA。
本研究阐明了上皮细胞焦亡通过激活TREM1⁺巨噬细胞并驱动致病性Th17细胞分化的新机制，为理解口腔乃至消化道慢性炎症的免疫病理提供了关键见解，并为开发针对TREM1⁺巨噬细胞的靶向治疗策略提供了理论依据。
（对生信文章分析感兴趣或需要生信分析服务的老师，欢迎关注禾苗一起交流）
15.7/Q1，单细胞多组学杀入成瘾脑区：这篇Nature子刊如何靠“细胞分辨率”卷出酒精成瘾新机制？
11.2/Q1，浙大医学院仅靠公共蛋白组＋多模态衰老标签拿下Q1？生信“躺赢”套路与翻车点全拆解
25.8/Q1，肠道菌群如何“操控”注意力？——微生物组+代谢组+神经行为：多组学视角下的肥胖研究新突破
12.5/Q1，从“疝”到高分：GBD 2.3 亿条记录+贝叶斯建模，外科生信发文的捷径与雷区
8.5/Q1，不养小鼠，纯生信如何“挖”出微生物促癌机制？ 泛癌分析+多组学整合，一篇文讲透高分生信发文路径与避坑指南
多校联合机器学习+临床数据发文：手把手教你构建疾病风险预测模型。这篇范文告诉你：纯生信分析照样能征服顶刊
6.2/Q1，宁波大学一附院“昼夜密码的 AI 解码：单细胞 × Bulk 联合 WGCNA-LASSO 揭示结直肠癌耐药新靶”
IF=9.6，GWAS+MR一键封神：PsyRiskMR生信套路，三个月0实验也能发高分！
JBM 生信破局：南京医一附院纯生信“0实验”7算法+双模态锁定心衰双基因！
4.3/Q2，武大人民医院生信卷王：空转+单细胞+轨迹+互作+空间共定位五连杀，再融合TCGA突变/甲基化炼成预后模型！
