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学会这个Github上3w人收藏的 nature-skills 是不是就可以发Nature了!

生信技能树 • 3 月前 • 535 次点击  

nature-skill这个是进入AI赛道以来,听了很多次的一个skill了。今天下定决心来看看这个skill有什么神奇的地方呢?

nature-skill介绍

我去GitHub上一搜,发现有好多啊,这都是野生的吗?

仓库
侧重
Yuan1z0825/nature-skills
全流程 16 个子 skill,覆盖最广(推荐入门)
SyntaxSmith/nature-writing-skill
专攻写作+配图,从 44 篇 OA 论文提炼,主投 NMI/NC/NCS
Boom5426/Nature-Paper-Skills
起草/修改/审计/返修
NatureBlueee/Nature-use-skills
自用 skills 体系
GeoGeekLab/nature-reviewer-skills
审稿模拟
jing1312/nature-figure-skill
专攻配图

排在第一位的是 Yuan1z0825/nature-skills,描述为"符合nature论文学术表达和科研绘图的Skill"。

基本信息

  • 仓库地址:https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills

  • 创建者:袁一哲

  • Star:约 2.7 万,Fork:1600+

  • 最近更新:2026-07-07

定位

面向全球学者的科研 Skill 库,核心围绕 SKILL.md 组织,支持 Claude Code、Codex、OpenClaw、OpenCode、Hermes 等 agent 框架安装使用。

包含 16 个技能

安装方式

终端:

git clone https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git
cd nature-skills
scripts/update-codex-skills.sh --pull

codex的配置方法:

  • mac:https://mp.weixin.qq.com/s/u2czy5jgmYwe_7ZBAoLV6g
  • Windows版本:https://mp.weixin.qq.com/s/oG2XW8aRCV9PaU4GN2JySA
  • codex接入deepseek:https://mp.weixin.qq.com/s/3buMG6_YLc7v63JgNInNUw

codex自己给我安装:

# 提示词
安装一下这个skill

nature-skill使用

问一下他怎么使用:

# codex提示词
怎么使用呢

下面是它给的回答。

几个实用提示:

  1. 触发方式:直接在 Codex 对话中用中文描述任务即可,比如"读论文""润色""画图""审稿"等关键词会自动匹配到对应技能。
  2. 输入格式:支持本地 PDF 文件路径、DOI、arXiv 链接、网页 URL 或直接粘贴文本。
  3. 输出产物:每个技能都会生成可直接使用的文件,比如 .md、.pptx、.svg、.tex 等。
  4. 两个可选依赖:nature-paper-to-patent 和 nature-academic-search 的 MCP 服务需要额外安装 Python 依赖,用到时我可以帮你装。

测试一:文献检索(nature-academic-search)

这里我用的codex+火山引擎9.9那个包月套餐里面的glm5.2模型。

之前的购买:OpenCode + GLM-5.2 小白配置指南

立即订阅:https://volcengine.com/L/IPDtf2M03Rc/  邀请码:82TYN5CU

方舟 Coding Plan 最新支持 GLM-5.2、MiniMax-M3、DeepSeek-V4 系列、Doubao-Seed-2.0 系列、Kimi-K2.6 等模型,工具不限,现在订阅叠加9.5折,低至9.4元,订阅越多越划算!

API:https://console.volcengine.com/ark/region:ark+cn-beijing/apiKey?apikey=%7B%7D

模型查看:https://console.volcengine.com/ark/region:ark+cn-beijing/openManagement?LLM=%7B%7D&OpenModelVisible=false&vtm=a106466.b106468.0_0.0_0.0.138_7656404106270443062&advancedActiveKey=subscribe

这个skill用的:用 academic_search.py 脚本通过 OpenAlex 检索。

提示词:

因为我的skill不止一个文件检索,所以这里我使用了精确指定skill的方法。即提示词前面加上 $nature-academic-search。

#文献检索(nature-academic-search)
#帮我检索 CRISPR base editing 方向近三年的高引文献
$nature-academic-search 帮我检索2026年IF10分以上的空间转录组visium HD方向的文献

检索结果

明确使用 Visium HD 技术的高影响因子文献

#
标题
期刊
IF(约)
引用
DOI
1
A technical comparison of spatial transcriptomics platforms across six cancer types
Genome Biology
~12.3
10
10.1186/s13059-026-03937-y
2
A spatial atlas of the healthy human liver from live donors
Nature
~50.5
-
10.1038/s41586-026-10377-y
3
High-resolution spatial transcriptomics of adult and pediatric human liver with Visium HD
Scientific Data
~9.8
1
10.1038/s41597-026-07597-2
4
High resolution spatial transcriptomics identifies insufficient radiofrequency ablation induces HCC progression via CEBPD/CXCL2 axis
Hepatology
~13.5
-
10.1097/HEP.0000000000001714
5
Microenvironment-aware spatial modeling for accurate inference of cell identity
Nucleic Acids Research
~16.7
-
10.1093/nar/gkaf1477
6
Decoding spatial transcriptomics across multicellular and subcellular resolutions
Nature Communications
~16.6
-
10.1038/s41467-026-72872-0

Visium HD 方向相关的高影响因子文献(空间转录组学主题)

#
标题
期刊
IF(约)
引用
DOI
7
Same-Slide Spatial Multiomics Integration with IN-DEPTH Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the TME
Cancer Discovery
~29.7
2
10.1158/2159-8290.cd-25-0775
8
A Tumor-Promoting Inflammatory SPP1+ Macrophage-IL6-CRP Axis Drives Immune Dysfunction in Bladder Cancer
Cancer Discovery
~29.7
1
10.1158/2159-8290.cd-25-1774
9
Single-Cell Analysis of Chemotherapy-induced Remodeling Reveals CD276-driven Basal-like Chemoresistance in Pancreatic Cancer
Gastroenterology
~29.4
4
10.1053/j.gastro.2025.09.043
10
A transcriptomic microglia taxonomy across mouse and human pathologies
Nature Immunology
~27.7
3
10.1038/s41590-026-02472-z
11
Single-cell TCR mapping reveals spatially coordinated T cell states in head and neck cancer
Science Immunology
~17.6
4
10.1126/sciimmunol.aec3133
12
Decoding brain border immunity to enable future therapeutic avenues
Trends in Immunology
~17.6
3
10.1016/j.it.2025.12.007
13
Advancing Cardiovascular Research With Single-Cell and Spatial Transcriptomics
Circulation Research
~16.5
7
10.1161/circresaha.125.325795
14
FineST: contrastive learning integrates histology and spatial transcriptomics for nuclei-resolved ligand-receptor analysis
Nature Communications
~16.6
1
10.1038/s41467-026-70528-7
15
SMURF: soft-segmentation for single-cell reconstruction and topological analysis of spatial transcriptomic data
Nature Communications
~16.6
1
10.1038/s41467-026-74464-4
16
A blueprint for local and distal invasion programs in glioblastoma
Nature Communications
~16.6
1
10.1038/s41467-026-70470-8
17
S3RL: Enhancing Spatial Single-Cell Transcriptomics With Separable Representation Learning
Advanced Science
~15.1
1
10.1002/advs.202516178
18
PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns
Genome Biology
~12.3
1
10.1186/s13059-026-03994-3
19
A four-dimensional spatial transcriptome atlas of barley caryopsis development and germination
The Plant Cell
~11.6
2
10.1093/plcell/koag120
20
Maternal fasting during early gestation induces epigenetic alterations and schizophrenia-related phenotypes
Molecular Psychiatry
~11.0
-
10.1038/s41380-026-03629-w
21
Defining subcellular synovial responses in TMJ osteoarthritis onset
Int J Oral Sci
~10.8
1
10.1038/s41368-025-00411-6
22
Spatial and single-cell RNA sequencing reveals the immune microenvironment of human ascending thoracic aortic aneurysms
Clin Transl Med
~10.6
-
10.1002/ctm2.70650

测试二:nature-downloader文献下载

nature-downloader 的工作链是:Node.js 脚本 → CDP 代理 (port 3456) → Chrome (远程调试端口 9222) → 下载 PDF。

提示词:

$nature-downloader  将刚刚检索到的Visium HD主题的文献下载下来

这个下载因为我的环境里面CDP没有配置,我后面让codex帮我修复了。

总体上感觉没有使用opencli那么丝滑!

测试三:$nature-reader 文献阅读

上面已经有下载好的几篇了,让他解读一篇文献来看看:

# 提示词
$nature-reader  解读一下这篇文献Cervilla_2026_GenomeBiol_platform_comparison.pdf

额 GLM5.2看不了图。

换个上。

我的chatgpt pro烧完了。

大家去试试看效果吧!

我感觉这个nature skills系列很棒!

今天分享到这~


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