输入输出
交互式输入输出
在很多时候，你会想要让你的程序与用户（可能是你自己）交互。你会从用户那里得到输入，然后打印一些结果。我们可以分别使用raw_input和print语句来完成这些功能。
a = raw_input("Please input a string\n> ")
print "The string you typed in is: ", a
Please input a string
> a
The string you typed in is: a
print "这是一个保留例子，仅供玩耍\n"
lucky_num = 5
c = 0
while True:
b = int(raw_input("Please input a number to check if you are \
lucky enough to guess right: \n"))
if b == lucky_num:
print "\nYour are so smart!!! ^_^ ^_^"
else:
print "\nSorry, but you are not right. %>_
while 1:
c = raw_input("Do you want to try again? [Y/N] \n")
if c == 'Y':
try_again = 1
break
elif c == 'N':
try_again = 0
break
else:
print "I can not understand you, please check your input. \n"
continue
if try_again:
print "\nHere comes another run. Enjoy!\n"
continue
else:
print "\nBye-bye\n"
break
这是一个保留例子，仅供玩耍
Please input a number to check if you are lucky enough to guess right:
5
Your are so smart!!! ^_^ ^_^
Please input a number to check if you are lucky enough to guess right:
7
Sorry, but you are not right. %>__
文件读写
文件读写是最常见的输入和输出操作。你可以实用file或open来实现。
print "新建一个文件"
context = '''The best way to learn python contains two steps:
1. Rember basic things mentionded here masterly.
2. Practise with real demands.
'''
print "以写入模式(w)打开一个文件并命名为(Test_file.txt)"
fh = open("Test_file.txt","w")
print >>fh, context
fh.close()
新建一个文件
以写入模式(w)打开一个文件并命名为(Test_file.txt)
print "以只读模式(r)读入一个名为(Test_file.txt)的文件"
print
for line in open("Test_file.txt"):
print line以只读模式(r)读入一个名为(Test_file.txt)的文件
The best way to learn python contains two steps:
1. Rember basic things mentionded here masterly.
2. Practise with real demands.
print '''避免中间空行的输出。
从文件中读取的每一行都带有一个换行符，
而Python的print默认会在输出结束时加上换行符，
因此打印一行会空出一行。为了解决这个问题，有下面两套方案。'''
print "在print语句后加上逗号(,)可以阻止Python对每次输出自动添加的换行符"
print
for line in open("Test_file.txt"):
print line,
print
print "去掉每行自身的换行符"
for line in open("Test_file.txt"):
print line.strip()
避免中间空行的输出。
从文件中读取的每一行都带有一个换行符，
而Python的print默认会在输出结束时加上换行符，
因此打印一行会空出一行。为了解决这个问题，有下面两套方案。
在print语句后加上逗号(,)可以阻止Python对每次输出自动添加的换行符
The best way to learn python contains two steps:
1. Rember basic things mentionded here masterly.
2. Practise with real demands.
去掉每行自身的换行符
The best way to learn python contains two steps:
1. Rember basic things mentionded here masterly.
2. Practise with real demands.
实战练习（一）
背景知识
1. FASTA文件格式
>seq_name_1
sequence1
>seq_name_2
sequence2
2. FASTQ文件格式
@HWI-ST1223:80:D1FMTACXX:2:1101:1243:2213 1:N:0:AGTCAA
TCTGTGTAGCCNTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCATGCA
+
BCCFFFFFFHH#4AFHIJJJJJJJJJJJJJJJJJIJIJJJJJGHIJJJJJJJJJ
作业 (一)
给定FASTA格式的文件(test1.fa 和 test2.fa)，写一个程序 cat.py 读入文件，并输出到屏幕
给定FASTQ格式的文件(test1.fq), 写一个程序 cat.py 读入文件，并输出到屏幕
写程序 splitName.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字，输出到屏幕
写程序 formatFasta.py, 读入test2.fa，把每条FASTA序列连成一行然后输出
写程序 formatFasta-2.py, 读入test2.fa，把每条FASTA序列分割成80个字母一行的序列
写程序 sortFasta.py, 读入test2.fa, 并取原始序列名字第一个空格前的名字为处理后的序列名字，排序后输出
sort
dict
aDict[key] = []
aDict[key].append(value)
提取给定名字的序列
写程序 grepFasta.py, 提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列，并输出到屏幕。
写程序 grepFastq.py, 提取fastq.name中名字对应的test1.fq的序列，并输出到文件。
写程序 screenResult.py, 筛选test.expr中foldChange大于2的基因并且padj小于0.05的基，可以输出整行或只输出基因名字
写程序 transferMultipleColumToMatrix.py 将文件(multipleColExpr.txt)中基因在多个组织中的表达数据转换为矩阵形式
aDict[‘key’] = {}
aDict[‘key’][‘key2’] = value
if key not in aDict
aDict = {‘ENSG00000000003’: {“A-431”: 21.3, “A-549”, 32.5,…},”ENSG00000000003”:{},}
用到的知识点
输入格式(只需要前3列就可以)
Gene Sample Value Unit Abundance
ENSG00000000003 A-431 21.3 FPKM Medium
ENSG00000000003 A-549 32.5 FPKM Medium
ENSG00000000003 AN3-CA 38.2 FPKM Medium
ENSG00000000003 BEWO 31.4 FPKM Medium
ENSG00000000003 CACO-2 63.9 FPKM High
ENSG00000000005 A-431 0.0 FPKM Not detected
ENSG00000000005 A-549 0.0 FPKM Not detected
ENSG00000000005 AN3-CA 0.0 FPKM Not detected
ENSG00000000005 BEWO 0.0 FPKM Not detected
ENSG00000000005 CACO-2 0.0 FPKM Not detected
输出格式
Name A-431 A-549 AN3-CA BEWO CACO-2
ENSG00000000460 25.2 14.2 10.6 24.4 14.2
ENSG00000000938 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
ENSG00000001084 19.1 155.1 24.4 12.6 23.5
ENSG00000000457 2.8 3.4 3.8 5.8 2.9
写程序 reverseComplementary.py计算序列 ACGTACGTACGTCACGTCAGCTAGAC的反向互补序列
写程序 collapsemiRNAreads.py转换smRNA-Seq的测序数据
输入文件格式(mir.collapse, tab-分割的两列文件，第一列为序列，第二列为序列被测到的次数)
ID_REF VALUE
ACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGC 2
ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATA 25
TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTT 100
TCCTACGAGTTGCATGGATTC 4
输出文件格式 (mir.collapse.fa, 名字的前3个字母为样品的特异标示，中间的数字表示第几条序列，是序列名字的唯一标示，第三部分是x加每个reads被测到的次数。三部分用下划线连起来作为fasta序列的名字。)
>ESB_1_x2
ACTGCCCTAAGTGCTCCTTCTGGC
>ESB_2_x25
ATAAGGTGCATCTAGTGCAGATA
>ESB_3_x100
TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTT
>ESB_4_x4
TCCTACGAGTTGCATGGATTC
简化的短序列匹配程序 (map.py) 把short.fa中的序列比对到ref.fa, 输出短序列匹配到ref.fa文件中哪些序列的哪些位置
用到的知识点
输出格式 (输出格式为bed格式，第一列为匹配到的染色体，第二列和第三列为匹配到染色体序列的起始终止位置（位置标记以0为起始，代表第一个位置；终止位置不包含在内，第一个例子中所示序列的位置是(199,208](前闭后开，实际是chr1染色体第199-206的序列，0起始). 第4列为短序列自身的序列.)。
附加要求：可以只匹配到给定的模板链，也可以考虑匹配到模板链的互补链。这时第5列可以为短序列的名字，第六列为链的信息，匹配到模板链为’+’，匹配到互补链为’-‘。注意匹配到互补链时起始位置也是从模板链的5’端算起的。
chr1 199 208 TGGCGTTCA
chr1 207 216 ACCCCGCTG
chr2 63 70 AAATTGC
chr3 0 7 AATAAAT
备注：
每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点，请综合考虑。此外，对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着，而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。
每个程序对于你身边会写的人来说都很简单，因此你一定要克制住，独立去把答案做出，多看错误提示，多比对程序输出结果和预期结果的差异。
学习锻炼“读程序”，即对着文件模拟整个的读入、处理过程来发现可能的逻辑问题。
程序运行没有错误不代表你写的程序完成了你的需求，你要去查验输出结果是不是你想要的。
关于程序调试
在初写程序时，可能会出现各种各样的错误，常见的有缩进不一致，变量名字拼写错误，丢失冒号，文件名未加引号等，这时要根据错误提示查看错误类型是什么，出错的是哪一行来定位错误。当然，有的时候报错的行自身不一定有错，可能是其前面或后面的行出现了错误。
用脑袋运行程序：当程序写作完成后，自己尝试对着数据文件，一行一行的执行程序，来看程序的运行是否与自己想干的活一致，有没有纰漏。
当结果不符合预期时，要学会使用print来查看每步的操作是否正确，比如我读入了字典，我就打印下字典，看看读入的是不是我想要的，是否含有不该存在的字符；或者在每个判断句、函数调入的情况下打印个字符，来跟踪程序的运行轨迹。
